最近服務(wù)器系統(tǒng)被我搞崩了，換了塊更好的固態(tài)硬盤，重新裝了一個(gè)ubuntu系統(tǒng)。然后我在服務(wù)器上面運(yùn)行juice（3D-DNA流程掛載染色體用到的軟件），發(fā)現(xiàn)了這樣的報(bào)錯(cuò)：aw...
發(fā)簡信
IP屬地：山西
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解決報(bào)錯(cuò)：awk: .//scripts/common/chimeric_sam.awk: line 50: illegal reference to local variable array
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基于nanopolish的分析結(jié)果得到劃分窗口全基因組甲基化水平文件
我最近基于nanopore的數(shù)據(jù)進(jìn)行全基因組5mC甲基化分析，具體是基于王順老師編寫的腳本進(jìn)行分析（https://gitee.com/wangshun1121/nanopo...
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TBtools修復(fù)基因注釋文件的方法一現(xiàn)在，基因組測序和組裝的價(jià)格已經(jīng)降到了很多科研團(tuán)隊(duì)都能負(fù)擔(dān)的水平，因此，很多物種的基因組序列都被測定并公開了。同時(shí)，描述這些基因結(jié)構(gòu)的文件，比如GTF或GFF3文件，也可以...
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`GLIBCXX_3.4.26' not found解決辦法本人最近在進(jìn)行基因注釋時(shí)，本想用mamba安裝一下braker，卻沒想到以前一向好用的mamba軟件居然反常地報(bào)錯(cuò)了…… 本著做生信一定要學(xué)會(huì)使用谷歌的原則，我去高搜了一下，...
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基于Python程序給fa文件基因ID批量添加前綴的方法
鑒于在生物信息分析過程中，有些時(shí)候我們的輸入/輸出的fasta格式文件的基因ID經(jīng)常會(huì)雜亂無章，不知道屬于哪個(gè)物種或者哪個(gè)類別。因此，我寫了一個(gè)python程序來簡化這一方...
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使用UpSetR軟件包繪制Upset圖的方法本人最近在做比較基因組學(xué)分析的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)用韋恩圖來表示共有、特有的基因家族雖然直觀，但一旦物種數(shù)目增多，就會(huì)變得不好看。于是，我?guī)熜痔嶙h可以用Upset圖來代替，我仿佛打開了...
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@麥田里的守望者_(dá)98a5 查中性突變率關(guān)鍵詞：Neutral mutation rate
根據(jù)突變速率進(jìn)行EDTA結(jié)果的LTR插入時(shí)間換算
EDTA是一個(gè)非常好的轉(zhuǎn)座子注釋流程，并且它有一個(gè)功能是可以根據(jù)突變速率推算LTR插入時(shí)間。然而，這個(gè)軟件如果不設(shè)置參數(shù)--u的話，會(huì)使用禾本科的默認(rèn)插入時(shí)間1.3e-8來計(jì)...
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@麥田里的守望者_(dá)98a5 一般通過查閱文獻(xiàn)獲得，如果查不到的話就使用默認(rèn)的突變速率
根據(jù)突變速率進(jìn)行EDTA結(jié)果的LTR插入時(shí)間換算
EDTA是一個(gè)非常好的轉(zhuǎn)座子注釋流程，并且它有一個(gè)功能是可以根據(jù)突變速率推算LTR插入時(shí)間。然而，這個(gè)軟件如果不設(shè)置參數(shù)--u的話，會(huì)使用禾本科的默認(rèn)插入時(shí)間1.3e-8來計(jì)...
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注釋文件無法提取最長轉(zhuǎn)錄本的解決方法我最近在做比較基因組學(xué)分析的過程中遇到了一個(gè)問題，就是從數(shù)據(jù)庫中下載到的注釋文件，明明是gff3格式，卻無法按照常規(guī)方法提取最長轉(zhuǎn)錄本。注釋文件中顯示來源于DDBJ數(shù)據(jù)庫。...
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根據(jù)突變速率進(jìn)行EDTA結(jié)果的LTR插入時(shí)間換算
EDTA是一個(gè)非常好的轉(zhuǎn)座子注釋流程，并且它有一個(gè)功能是可以根據(jù)突變速率推算LTR插入時(shí)間。然而，這個(gè)軟件如果不設(shè)置參數(shù)--u的話，會(huì)使用禾本科的默認(rèn)插入時(shí)間1.3e-8來計(jì)...
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mcmctree 對(duì)newick樹的讀取報(bào)錯(cuò) 2020-06-01
以上報(bào)錯(cuò)可能與根的位置有關(guān)系 在a,b兩邊加括號(hào)可解除，原因暫時(shí)不明確
