鑒于在生物信息分析過程中，有些時(shí)候我們的輸入/輸出的fasta格式文件的基因ID經(jīng)常會(huì)雜亂無章，不知道屬于哪個(gè)物種或者哪個(gè)類別。因此，我寫了一個(gè)python程序來簡化這一方...
發(fā)簡信
IP屬地：廣東
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基于Python程序給fa文件基因ID批量添加前綴的方法
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使用UpSetR軟件包繪制Upset圖的方法本人最近在做比較基因組學(xué)分析的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)用韋恩圖來表示共有、特有的基因家族雖然直觀，但一旦物種數(shù)目增多，就會(huì)變得不好看。于是，我?guī)熜痔嶙h可以用Upset圖來代替，我仿佛打開了...
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解決ERROR: Could not find a version that satisfies the requirement pygtftk (from versions: none)
pip版本過低導(dǎo)致 python -m pip install --upgrade pip
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注釋文件無法提取最長轉(zhuǎn)錄本的解決方法我最近在做比較基因組學(xué)分析的過程中遇到了一個(gè)問題，就是從數(shù)據(jù)庫中下載到的注釋文件，明明是gff3格式，卻無法按照常規(guī)方法提取最長轉(zhuǎn)錄本。注釋文件中顯示來源于DDBJ數(shù)據(jù)庫。...
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根據(jù)突變速率進(jìn)行EDTA結(jié)果的LTR插入時(shí)間換算
EDTA是一個(gè)非常好的轉(zhuǎn)座子注釋流程，并且它有一個(gè)功能是可以根據(jù)突變速率推算LTR插入時(shí)間。然而，這個(gè)軟件如果不設(shè)置參數(shù)--u的話，會(huì)使用禾本科的默認(rèn)插入時(shí)間1.3e-8來計(jì)...
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mcmctree 對(duì)newick樹的讀取報(bào)錯(cuò) 2020-06-01
以上報(bào)錯(cuò)可能與根的位置有關(guān)系 在a,b兩邊加括號(hào)可解除，原因暫時(shí)不明確
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根據(jù)基因名稱批量提取蛋白序列以作進(jìn)化樹構(gòu)建的方法有時(shí)候，我們需要對(duì)某個(gè)特定基因家族進(jìn)行進(jìn)化樹的構(gòu)建，那么怎么來實(shí)現(xiàn)呢？以下是一種比較簡單的基于Mega的方法 一 提取蛋白序列 http://hgdownload.cse.u...
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解決CommandNotFoundError: Your shell has not been properly configured to use ‘conda activate’
本人曾兩次遇到過這個(gè)問題，就是在切換conda環(huán)境時(shí)報(bào)這樣的錯(cuò)： CommandNotFoundError: Your shell has not been properly...
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安裝和運(yùn)行DeepTE時(shí)報(bào)錯(cuò)的解決辦法
DeepTE是一款非常實(shí)用的轉(zhuǎn)座子分類工具，一般在跑完EDTA重復(fù)序列注釋后可以運(yùn)行一下DeepTE對(duì)unknown的轉(zhuǎn)座子進(jìn)行進(jìn)一步分類。然而，我在安裝這個(gè)軟件時(shí)遇到了報(bào)錯(cuò)...
