100天生信-Day3

今天看到了洲更大神blast比對最優(yōu)同源的方法（https://www.huaweicloud.com/articles/13536909.html），大受震撼，幾乎完美解決我的需求（以前都是比對完再篩選）。
在此做個(gè)記錄：

## 主要是添加-max_hsps 1 -num_alignments 1這個(gè)參數(shù)
blastp -query Ta.pep* -db At_prot_db -out Ta_At.blast -outfmt 6 -max_hsps 1 -num_alignments 1 -num_threads 10 > blast.log 2>&1 &

另外，比對20bp左右引物的時(shí)候經(jīng)常比對不到，可以加參數(shù)：-task。
例如：

blastn -query qpcr_primer.txt -db Es_cds_db -outfmt 6 -evalue 1e-2 -out qpcr_primer_EsCDS.blast -num_threads 6 -task blastn > blast.log 2>&1 &