單細胞測序技術(shù)是近年最大的生命科學突破之一，相關(guān)文章頻繁發(fā)表于各大頂級期刊，然而單細胞數(shù)據(jù)的分析依然是大家普遍面臨的障礙。本專題將針對10X Genomics單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)演示各種主流分析，包括基于Seurat的基礎(chǔ)分析、以及基于clusterProfiler、Monocle、*SingleR等R包的延伸分析。不足之處請大家批評指正

硬件配置

10X Genomics單細胞數(shù)據(jù)分析對電腦硬件配置要求比較高。上游分析軟件Cell Ranger最低配置要求8核CPU+64G內(nèi)存，推薦配置為16核CPU+128G內(nèi)存，這顯然不是個人電腦可以勝任的。下游分析使用R語言Seurat包時，10000個細胞的表達矩陣，8G內(nèi)存的電腦就不能應付了。因此沒有服務器的同學不用考慮上游分析，僅做下游分析最低也要16G內(nèi)存的電腦。

R語言的安裝

R語言安裝程序官方下載鏈接：https://cran.r-project.org/

windows版本選擇紅色箭頭所示鏈接

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點擊后進入以下界面，繼續(xù)點擊紅色箭頭所指鏈接

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點擊后進入以下界面，繼續(xù)點擊紅色箭頭所指鏈接

注意：不要安裝最新的R語言4.0版本，很多包還不提供支持！??！

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點擊后進入以下界面，繼續(xù)點擊紅色箭頭所指3.6.3版本

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點擊后進入以下界面，繼續(xù)點擊紅色箭頭所指3.6.3版本

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安裝文件下載后就是常規(guī)的windows程序安裝過程了

Rtools的安裝

Rtools的相當于R在windows中使用的一個補丁，我只在安裝R包的時候遇到過rtools報錯，其它時候沒感覺到它的存在。官方解釋如下：

Rtools provides a toolchain for Windows platform that work well with R. It mainly includes GNU make, GNU gcc, and other utilities commonly used on UNIX-ish platform. R statistical language & environment is that it is open source and cross-platform.

Rtools下載地址：

https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/history.html

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下載箭頭所示版本安裝即可，注意以下安裝界面：

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紅框標注的兩個選項一定都要選擇，第一個選項默認是沒打鉤的。

RStudio的安裝

Rstudio的下載鏈接：https://rstudio.com/products/rstudio/download/

選擇紅色箭頭所示鏈接

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點擊后進入以下界面，繼續(xù)點擊紅色箭頭所指鏈接

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安裝文件下載后就是常規(guī)的windows程序安裝過程了

Rstudio界面下安裝分析所用的R包

使用代碼安裝R包****

打開RStudio，同時按住鍵盤上Ctrl+Shift+H三個鍵，切換到工作目錄，逐行運行以下命令：

install.packages("devtools", dependencies=T)

運行l(wèi)ibrary(Seurat) 后會提示（只有首次運行會提示）安裝minconda和python，如下圖所示：

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輸入y繼續(xù)。安裝過程中360安全衛(wèi)士會提示病毒風險，選擇信任即可。

至此，分析環(huán)境搭建完成！
原文在單細胞轉(zhuǎn)錄組基礎(chǔ)分析一：分析環(huán)境搭建