Linux中awk提取列—split函數(shù)

實例
  • Heatmap on CUT&Tag peaks, 這里要提取染色體編號，起始位置，終止位置。

  • 先分割后提?。╯plit函數(shù)）


    seacr.peaks.stringent.bed

awk '{split($6, summit, ":"); split(summit[2], region, "-"); print summit[1]"\t"region[1]"\t"region[2]}' seacr.peaks.stringent.bed >seacr.peaks.summitRegion.bed
在 ":" 處，提取并分割peaks.stringent.bed的第6列，至summit，
在 "-" 處，提取并分割summit的第2列，至region。
提取summit的第1列（染色體編號），region的第1列（起始位置），第2列（終止位置），通過 "\t" 分隔，至peaks.summitRegion.bed。

seacr.peaks.summitRegion.bed

  • 直接提取


    macs2.peaks.summits.bed

awk '{print $1"\t"$2"\t"$3}' macs2.peaks.summits.bed >macs2.peaks.summitRegion.bed

macs2.peaks.summitRegion.bed

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