本來下載數(shù)據(jù)用的是NCBI官方指定的sratool-kit里面帶的prefetch，本來實驗室網(wǎng)速快還沒啥問題，但是這次碰到了一個硬茬，壓縮后數(shù)據(jù)15G，下載數(shù)次中斷，后來轉(zhuǎn)為使用aspera進行下載，快速入手記錄。
該教程基于Linux環(huán)境
安裝
conda熟練手都懂的
conda install -c hcc aspera-cli
配置參數(shù)
-v verbose mode 嘮叨模式，能讓你實時知道程序在干啥，方便查錯。有些作者的程序缺乏人性化，運行之后，只見光標閃，壓根不知道運行到哪了
-T 取消加密，否則有時候數(shù)據(jù)下載不了
-i 提供私鑰文件的地址，我也不知道干嘛的，反正不能少，地址一般是~/.aspera/connect/etc中的asperaweb_id_dsa.openssh文件
-l 設(shè)置最大傳輸速度，一般200m到500m，如果不設(shè)置，反而速度會比較低，可能有個較低的默認值
-k 斷點續(xù)傳，一般設(shè)置為值1
-Q 不懂，一般加上它
-P 提供SSH port，一般是33001，反正我不懂
參考：https://blog.csdn.net/herokoking/article/details/78890567
簡單使用
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NCBI 下載數(shù)據(jù)
先在GEO里面找打你的目的數(shù)據(jù)，及其SRR號（舉例）：SRR653396
在FTP位置ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/找到該文件：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR653/SRR653396/SRR653396.sra
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替換以下代碼
~/biosoft/anaconda/etc/asperaweb_id_dsa.openssh為你自己安裝后的openssh位置
/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR653/SRR653396/SRR653396.sra為文件ftp地址的路徑，去掉開頭的地址然后使用公用賬號anonftp進行下載，最后成型的下載代碼為：ascp -v -k 1 -T -l 200m -i ~/biosoft/anaconda/etc/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR653/SRR653396/SRR653396.sra ./
NOTE !
洲更給了額外信息，當安裝了aspera以后，prefetch會優(yōu)先調(diào)用aspera，下載代碼為:
prefetch SRR653396
# 會報錯
2018-11-08 更新，prefetch下載方式從prefetch SRR653396更新為prefetch --ascp-path '$HOME/.aspera/connect/bin/ascp|$HOME/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh' SRR653396，不然會報錯：
2018-11-08T12:34:14 prefetch.2.8.1: 1) Downloading 'SRR653396'...
2018-11-08T12:34:14 prefetch.2.8.1: Downloading via fasp...
2018-11-08T12:34:15 prefetch.2.8.1 err: process failed while waiting process - ascp failed with 1
2018-11-08T12:34:16 prefetch.2.8.1 err: process failed while waiting process - ascp failed with 1
2018-11-08T12:34:16 prefetch.2.8.1: fasp download failed
2018-11-08T12:34:16 prefetch.2.8.1: 1) failed to download SRR653396
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ENA 下載數(shù)據(jù)
一樣的步驟，不過是去ENA直接搜索，復(fù)制fastq.gz文件的地址，進行依葫蘆畫瓢式的替換后進行下載
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成型下載代碼為：
ascp -v -k 1 -T -l 200m -P 33001 -i ~/biosoft/anaconda/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR949/SRR949627/SRR949627_1.fastq.gz ./
結(jié)語
透，下載速度是真滴快。
另外，洲更也在簡書以及生信媛公眾號上發(fā)過如何上傳數(shù)據(jù)，本篇和其組成UP/DOWN LOAD姐妹篇。
文首圖片來自《海街日記》
