在使用soremerna時(shí)，遇到了一個(gè)有點(diǎn)頭疼的問(wèn)題，在soremerna數(shù)據(jù)比對(duì)和過(guò)濾時(shí)都暢通無(wú)阻，但是在寫入時(shí)候直接報(bào)錯(cuò)，進(jìn)而導(dǎo)致整個(gè)進(jìn)程停止

以下是報(bào)錯(cuò)信息

image

報(bào)錯(cuò)代碼

 invalid combination of output options: rule '1both 1-file and 2-files specified' violated

這是我的輸入代碼

sortmerna --index 0 --threads 8 /
--ref databases_rna/rfam-5.8s-database-id98.fasta /
--ref databases_rna/rfam-5.8s-database-id98.fasta /
--ref databases_rna/silva-arc-16s-id95.fasta /
--ref databases_rna/silva-arc-23s-id98.fasta /
--ref databases_rna/silva-bac-16s-id90.fasta /
--ref databases_rna/silva-bac-23s-id98.fasta /
--ref databases_rna/silva-euk-18s-id95.fasta /
--ref databases_rna/silva-euk-28s-id98.fasta /
--reads trimmed_mus_rna/SRR1374921_trimmed.fq.gz /
--reads trimmed_mus_rna/SRR1374922_trimmed.fq.gz /
--reads trimmed_mus_rna/SRR1374923_trimmed.fq.gz /
--reads trimmed_mus_rna/SRR1374924_trimmed.fq.gz /
--workdir /home/ergou/Desktop/rna-seq/tools/sortmerna/sortmerna_run/ --fastx --log --aligned aligned_rRNA/ --other clean_rna/

因?yàn)槲业臏y(cè)試數(shù)據(jù)有四個(gè)，即SRR1374921_trimmed.fq.gz、SRR1374922_trimmed.fq.gz、SRR1374923_trimmed.fq.gz、SRR1374924_trimmed.fq.gz 在參照網(wǎng)上的教程時(shí)發(fā)現(xiàn)有許多都是直接用--reads將數(shù)據(jù)全部列入。但是我忽略了一點(diǎn)，這些教程的數(shù)據(jù)都是雙端測(cè)序數(shù)據(jù)，而我的是單端測(cè)序數(shù)據(jù)，因此在寫入報(bào)告時(shí)soremerna無(wú)法識(shí)別到我的數(shù)據(jù)是能夠配對(duì)的數(shù)據(jù)，因此直接報(bào)錯(cuò)了

解決方法：
分四次將數(shù)據(jù)輸入：每次只使用一次reads，改變--reads后的對(duì)象將數(shù)據(jù)分四次輸入

sortmerna --index 0 --threads 8 
--ref databases_rna/rfam-5.8s-database-id98.fasta /
--ref databases_rna/rfam-5.8s-database-id98.fasta /
--ref databases_rna/silva-arc-16s-id95.fasta /
--ref databases_rna/silva-arc-23s-id98.fasta /
--ref databases_rna/silva-bac-16s-id90.fasta /
--ref databases_rna/silva-bac-23s-id98.fasta /
--ref databases_rna/silva-euk-18s-id95.fasta /
--ref databases_rna/silva-euk-28s-id98.fasta /
--reads /home/ergou/Desktop/rna-seq/output/Quality_control/trim_galore/SRR1374921_trimmed.fq.gz 
--aligned aligned_rRNA/ --other clean_rna/ --workdir /home/ergou/Desktop/rna-seq/tools/sortmerna/sortmerna_run/ --fastx --log

使用shell腳本：

原理也是將數(shù)據(jù)分四次輸入，不過(guò)它會(huì)自動(dòng)執(zhí)行

for ((i=22;i<=23;i++));do sortmerna --index 0 --threads 8 /
--ref databases_rna/rfam-5.8s-database-id98.fasta /
--ref databases_rna/rfam-5.8s-database-id98.fasta /
--ref databases_rna/silva-arc-16s-id95.fasta /
--ref databases_rna/silva-arc-23s-id98.fasta /
--ref databases_rna/silva-bac-16s-id90.fasta /
--ref databases_rna/silva-bac-23s-id98.fasta /
--ref databases_rna/silva-euk-18s-id95.fasta /
--ref databases_rna/silva-euk-28s-id98.fasta /
--reads /home/ergou/Desktop/rna-seq/output/Quality_control/trim_galore/SRR1374${i}_trimmed.fq.gz
--aligned aligned_rRNA/ --other clean_rna/ --workdir /home/ergou/Desktop/rna-seq/tools/sortmerna/sortmerna_run/ --fastx --log
;done