GWAS全基因組關(guān)聯(lián)分析全流程

拖拖拉拉用了一年時(shí)間才把GWAS整個(gè)流程捋完，從背景到code、還有過(guò)程中遇到的一些bug以及解決辦法，加起來(lái)也有二十余篇，按分析的流程整理出一份清單，也許以后有新的方法或者新的bug也會(huì)繼續(xù)更新，希望給大家一些參考。

1.GWAS：原理與目的 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
2.GWAS：流程與試驗(yàn)設(shè)計(jì) - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
3.1 GWAS：表型鑒定與記錄的基本原則和原始數(shù)據(jù)處理 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
3.2 GWAS：最佳線性無(wú)偏估計(jì)量——BLUE值計(jì)算（多年單點(diǎn)有重復(fù)） - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
3.4 GWAS：遺傳力計(jì)算 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
4. 標(biāo)記的開發(fā)和分型 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
4.2 基因型數(shù)據(jù)描述性統(tǒng)計(jì) - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
5. GWAS：群體結(jié)構(gòu)——Admixture - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
6. GWAS：主成分分析——GCTA - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
7.1 GWAS：系統(tǒng)進(jìn)化樹——MEGA - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
7.2 GWAS：系統(tǒng)進(jìn)化樹美化——ITOL - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
8. GWAS：親緣關(guān)系——TASSEL&GCTA - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
9.1 GWAS：關(guān)聯(lián)分析 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
9.2 GWAS：關(guān)聯(lián)分析——TASSEL（GLM/MLM/CMLM) - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
9.3 GWAS：關(guān)聯(lián)分析——EMMAX - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
9.4 GWAS：顯著性閾值確定——GEC - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
9.5 GWAS顯著SNP篩選及曼哈頓圖繪制 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
10.GWAS：LD decay(LD衰減）—— PopLDdecay - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
11.GWAS：確定候選區(qū)間 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
12.GWAS：候選基因挖掘 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
CMplot報(bào)錯(cuò)missing value where TRUE/FALSE needed - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)

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