file.vcf文件如下所示，包含兩個(gè)樣本、四個(gè)變異位點(diǎn)：

#CHROM  POS    ID    REF     ALT     QUAL    FILTER  INFO    FORMAT  ID1     ID2   
chr1    123    rs1   G       A       .       PASS    .       GT      0|0     1|0   
chr1    124    rs2   C       A       .       PASS    .       GT      1|1     1|1  
chr1    125    rs3   G       T       .       PASS    .       GT      0|0     0|0
chr1    126    rs4   G       A       .       PASS    .       GT      1|1     1|1

現(xiàn)在我想把數(shù)字基因型變成字母基因型，比如對于rs1 ，我希望0|0變成GG，1|0變成AG；

對于此需求，要用到compound-genotypes參數(shù)；

廢話不多說，直接給命令：

plink --vcf file.vcf --recode compound-genotypes --out recode

注意，這里的plink是 1.9 版本哦（https://s3.amazonaws.com/plink1-assets/plink_linux_x86_64_20210606.zip）；

運(yùn)行完以上命令后，會(huì)得到 recode.ped 和 recode.map 兩個(gè)文件；

recode.ped文件如下所示：

ID1 ID1 0 0 0 -9 GG AA GG AA 
ID2 ID2 0 0 0 -9 AG AA GG AA

recode.map文件如下所示：

chr1       rs1       0       123
chr1       rs2       0       124
chr1       rs3       0       125
chr1       rs4       0       126

督促我寫下這篇教程的原因是，我今天搜遍了我的博客（https://www.cnblogs.com/chenwenyan/） 、用了很多關(guān)鍵詞，都找不到相應(yīng)的參數(shù)，但是我清楚記得PLINK是有這個(gè)功能的。如果我以前有記錄，今天就不需要大費(fèi)周章尋找了，可見記錄是一件多么重要的事；

我知道很多人看不上這種沒有技術(shù)含量的教程，但這些小技巧有時(shí)候能幫人省下很多不必要的coding時(shí)間；

致謝橙子牛奶糖（陳文燕），請用參考模版：We thank the blogger (orange_milk_sugar, Wenyan Chen) for XXX

感謝小可愛們多年來的陪伴， 我與你們一起成長~