知識點(diǎn)

• IFN-γ: Interferon-gamma,干擾素-γ。

背景

在細(xì)胞因子如IL-2、IL-12等的誘導(dǎo)下，干擾素-γ絕大多數(shù)由CD4⁺T細(xì)胞、CD8⁺T細(xì)胞、NK細(xì)胞，少部分由B細(xì)胞和APC產(chǎn)生。主要功能包括免疫調(diào)節(jié)、抗病毒等，也可對自身免疫產(chǎn)生抑制性調(diào)節(jié)或發(fā)揮抗腫瘤作用。

摘要

首先從GSEA下載HALLMARK_INTERFERON_GAMMA_RESPONSE的200個(gè)基因列表，并進(jìn)行unicox篩選得到24個(gè)基因。針對24個(gè)基因分析其表達(dá)、突變、相關(guān)性及蛋白互作，且根據(jù)24個(gè)基因能將LUAD分為兩個(gè)亞型，亞型與預(yù)后關(guān)系顯著。隨后，根據(jù)24個(gè)基因表達(dá)情況，通過LASSO回歸構(gòu)建預(yù)后模型，并在GSE72094中驗(yàn)證。最后進(jìn)行模型周邊分析，a.差異分析; b.GSVA富集分析; c.免疫細(xì)胞浸潤; d.免疫檢查點(diǎn)分析。

整體思路

結(jié)果

1. IFN-γ相關(guān)基因mRNA和基因突變

Fig.1

2.PPI+相關(guān)性分析

Fig.2

3.一致性聚類

針對24個(gè)預(yù)后相關(guān)基因進(jìn)行聚類，并進(jìn)行預(yù)后分析，再次說明基因的重要性。

Fig.3

4.模型構(gòu)建及驗(yàn)證

Fig.4

Fig.6

Fig.7

5.模型周邊分析

Fig.8

Fig.9

Fig.S8

總結(jié)

本文從IFN-γ反應(yīng)相關(guān)基因出發(fā)，先進(jìn)行預(yù)后分析，再針對預(yù)后顯著基因常規(guī)表達(dá)、預(yù)后、模型構(gòu)建及周邊分析。個(gè)人感覺比較出彩的地方是，a.IFN-γ相關(guān)基因這個(gè)出發(fā)點(diǎn)比較好，b.最后進(jìn)行模型周邊分析，免疫7 metagenes，免疫檢查點(diǎn)，免疫細(xì)胞浸潤分析。

參考鏈接：
Seven interferon gamma response genes serve as a prognostic risk signature that correlates with immune infiltration in lung adenocarcinoma