BUSCO官網(wǎng)：https://busco.ezlab.org/

BUSCO數(shù)據(jù)庫(kù)：https://busco-data.ezlab.org/v4/data/lineages/

1. 下載數(shù)據(jù)庫(kù)

根據(jù)物種，選擇需要作為參考的數(shù)據(jù)庫(kù)，建議下載到本地后上傳至服務(wù)器，直接使用wget命令下載可能會(huì)有問(wèn)題。

2. 解壓縮

命令：tar zxf [壓縮文件路徑] -C [目標(biāo)路徑]

目標(biāo)路徑：~/busco_downloads/lineages

以真菌數(shù)據(jù)庫(kù)為例，解壓后文件名為【fungi_odb10】，必須解壓至默認(rèn)路徑【busco_downloads/lineages】中，不然后續(xù)會(huì)報(bào)錯(cuò)，解壓縮后數(shù)據(jù)庫(kù)中內(nèi)容如下：

3. 運(yùn)行BUSCO程序

3.1 常規(guī)運(yùn)行

常規(guī)命令：busco -i [輸入文件] -l [數(shù)據(jù)庫(kù)] -o [輸出文件名] -m [genome]

實(shí)例：busco?-i?genome/data/genome.fasta?-l?fungi_odb10?-o?busco_output?-m?genome?

-i or --in 輸入文件，可以核酸、蛋白或轉(zhuǎn)錄組的fasta文件

-l or --lineage_dataset 比對(duì)的參考數(shù)據(jù)庫(kù)，可以是程序中固定的名稱(chēng)【即下載解壓后參考數(shù)據(jù)庫(kù)的默認(rèn)名，推薦】

-o or --out 輸出文件

-m or --mode 模式：genome, proteins, transcriptome

注：-l 后的參考數(shù)據(jù)庫(kù)不能是路徑?。?！-l 的默認(rèn)路徑是【busco_downloads/lineages】

3.2 運(yùn)行聯(lián)網(wǎng)可能會(huì)由于網(wǎng)絡(luò)問(wèn)題導(dǎo)致運(yùn)行出錯(cuò)，推薦選擇離線運(yùn)行。

離線運(yùn)行：busco -i [輸入文件] -l [數(shù)據(jù)庫(kù)] -o [輸出文件名] -m [genome]?--offline 【推薦】

實(shí)例：busco?-i?genome/data/genome.fasta?-l?fungi_odb10?-o?busco_output?-m?genome? --offline?

3.3 萬(wàn)無(wú)一失版本，離線+后臺(tái)運(yùn)行

后臺(tái)運(yùn)行：nohup?busco -i [輸入文件] -l [數(shù)據(jù)庫(kù)] -o [輸出文件名] -m [genome]?--offline?>busco_test.log?2>&1?&

實(shí)例：nohup?busco?-i?genome/data/genome.fasta?-l?fungi_odb10?-o?busco_output?-m?genome? --offline?>busco_test.log?2>&1?&

等待運(yùn)行結(jié)束即可，可通過(guò)log日志查看運(yùn)行進(jìn)程。

4. 運(yùn)行結(jié)果文件如下

文件夾logs中可查看運(yùn)行過(guò)程，運(yùn)行最終結(jié)果在short_summary.***.txt中，如下

【fungi_odb10】真菌數(shù)據(jù)庫(kù)中共有758個(gè)BUSCO groups，測(cè)序基因組中753（99.3%）個(gè)被完整比對(duì)上（包括753個(gè)單拷貝和0個(gè)多拷貝），2個(gè)部分比對(duì)上，3個(gè)完全沒(méi)有比對(duì)上。

通常用 【完整比對(duì)數(shù)量 / 數(shù)據(jù)庫(kù)中的總數(shù)量】比例作為BUSCO的重要結(jié)果，越高說(shuō)明基因組組裝完整性越好，這里是99.3%=753/758。

5. 繪圖

5.1 建議多比對(duì)幾個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)，繪圖好看?？梢詮摹窘纭俊鹃T(mén)】【綱】【目】【科】水平，尋找busco對(duì)應(yīng)數(shù)據(jù)庫(kù)（但是不一定每個(gè)分類(lèi)水平都有數(shù)據(jù)庫(kù)）。

5.2 將所有結(jié)果文件夾中的【short_summary.***.txt】放在一個(gè)新的文件夾中【result】。

5.3?運(yùn)行python "busco/scripts/generate_plot.py" -wd "result"

5.4 【result】文件夾中自動(dòng)生成【busco_figure.R】文件和繪圖結(jié)果。

5.5 在R中運(yùn)行文件【busco_figure.R】，需要安裝ggplot2包才能實(shí)現(xiàn)繪圖?？梢詫?duì)文件中的命令進(jìn)行修改實(shí)現(xiàn)個(gè)性化輸出。