序列比對(duì)和序列特征分析總目錄
序列比對(duì)的根本是發(fā)現(xiàn)潛在的同源序列，為所查詢的序列進(jìn)行功能預(yù)測(cè)及三維結(jié)構(gòu)建模奠定基礎(chǔ)。
序列比對(duì)sequence alignment
概念：運(yùn)用某種特定的數(shù)學(xué)模型或算法，找出兩個(gè)（雙序列比對(duì)）或多個(gè)序列（多序列比對(duì)）之間的最大匹配堿基或殘基數(shù)，比對(duì)的結(jié)果反應(yīng)算法在多大程度上提供序列之間的相似性關(guān)系及生物學(xué)特性。
目的： 通過對(duì)比不同物種序列的相似性判斷他們沒之間是否具有同源性。通過比較兩個(gè)序列之間的相似區(qū)域和保守型位點(diǎn)，可以尋找兩者之間的分子進(jìn)化關(guān)系。
進(jìn)一步比對(duì)將多個(gè)蛋白質(zhì)和核酸同時(shí)進(jìn)行比較，尋找這些有進(jìn)化關(guān)系的序列之間共同的保守區(qū)域，位點(diǎn)和模式，從而探索導(dǎo)致它們產(chǎn)生共同功能的序列模式。
此外，蛋白質(zhì)與具有三維結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)比較可以獲得蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和折疊類型的信息。
相似性similarity和同源性homology是序列比較和分析的基礎(chǔ)。
關(guān)于兩者區(qū)別和聯(lián)系請(qǐng)參照我之前的博文。
簡單來說，
相似性指序列比對(duì)過程中用來描述檢測(cè)序列和目標(biāo)序列之間相同DNA堿基或氨基酸殘基順序占的比例高低。
同源性是序列同源或不同源的一種論斷，是個(gè)定性的概念，沒有度的差異，而相似性是量化的。
也就是說兩條序列要么同源要么不同源，不可能具有多或少的數(shù)量關(guān)系。
同源序列分為直系同源和旁系同源。直系同源體通常有相同或相似的功能，但旁系同源提不一定，進(jìn)化上講，由于缺乏原始的自然選擇的力量，繁殖出的基因副本可以自由的變異并獲得新的功能。
比對(duì)的序列數(shù)量可以分為雙序列比對(duì)和多序列比對(duì)
比對(duì)范圍來說可以分為全局比對(duì)(global alignment)和局部比對(duì)(local alignment)
全局比對(duì)考慮序列的全局相似性，局部比對(duì)考慮序列片段之間的相似性
