@xwl123 grep "^name:" go-basic.obo | awk -F ': ' '{print $2}' > GO.name
以冒號(hào)和空格做分隔符就可以了
比較基因組學(xué)分析3：特異節(jié)點(diǎn)基因家族富集分析（非模式物種GO/KEEG富集分析）比較基因組學(xué)分析目錄 1：?jiǎn)慰截惢驑?gòu)建物種樹(shù)以及計(jì)算分化時(shí)間[http://www.itdecent.cn/p/10bb4410ae3d]2：基因家族收縮與擴(kuò)張分析[ht...
確實(shí)，這樣會(huì)導(dǎo)致description列只有一個(gè)單詞，最后作氣泡圖導(dǎo)致有重復(fù)的列
比較基因組學(xué)分析3：特異節(jié)點(diǎn)基因家族富集分析（非模式物種GO/KEEG富集分析）比較基因組學(xué)分析目錄 1：?jiǎn)慰截惢驑?gòu)建物種樹(shù)以及計(jì)算分化時(shí)間[http://www.itdecent.cn/p/10bb4410ae3d]2：基因家族收縮與擴(kuò)張分析[ht...
在注釋庫(kù)構(gòu)建的第一步里，grep "^name:" go-basic.obo |awk '{print $2}' > GO.name ，最好不要直接print $2，這樣會(huì)導(dǎo)致只有一個(gè)單詞進(jìn)入GO.class中，可以直接sed掉name:
請(qǐng)問(wèn)下4.4步驟KEGG注釋生成中的命令：
gene2pathway <- gene2ko %>% left_join(ko2pathway, by = "KO") %>%
dplyr::select(GID, Pathway) %>%
na.omit()
會(huì)報(bào)如下錯(cuò)誤：
Error in is.data.frame(y) : object 'ko2pathway' not found
請(qǐng)問(wèn)下是怎么解決的......??
比較基因組學(xué)分析3：特異節(jié)點(diǎn)基因家族富集分析（非模式物種GO/KEEG富集分析）比較基因組學(xué)分析目錄 1：?jiǎn)慰截惢驑?gòu)建物種樹(shù)以及計(jì)算分化時(shí)間[http://www.itdecent.cn/p/10bb4410ae3d]2：基因家族收縮與擴(kuò)張分析[ht...
你這個(gè)gtf文件格式介紹不對(duì)，第三列是feature，例子給的也完全不對(duì)
基因組注釋文件（二）| gff 和 gtf文件格式說(shuō)明簡(jiǎn)介 GFF和GTF是兩種最常用的基因組注釋格式，在信息分析中建庫(kù)時(shí)除了需要fasta文件一般還會(huì)需要這兩種文件，提取需要的信息進(jìn)行注釋。 一、GFF GFF(General...
