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day9-1 單細(xì)胞數(shù)據(jù)的二次分群day9-1 單細(xì)胞數(shù)據(jù)的二次分群 1.背景 Seurat里的FindClusters函數(shù)設(shè)置的resolution數(shù)值越大，分群的數(shù)量就越多，...
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單細(xì)胞Day8-2-多樣本擬時(shí)序1.導(dǎo)入數(shù)據(jù) 類似單樣本，輸入數(shù)據(jù)是seurat做完降維聚類分群注釋的數(shù)據(jù) 但是table的時(shí)候每種細(xì)胞數(shù)目不一樣 但是每個(gè)樣本的細(xì)胞數(shù)和met...
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單細(xì)胞Day8-1-單樣本擬時(shí)序1.定義 做擬時(shí)序分析是為了探索自己感興趣的幾種細(xì)胞之間的發(fā)育關(guān)系，一般不是用全部類型的細(xì)胞來做的。以下是進(jìn)行擬時(shí)序分析的幾個(gè)主要目的：細(xì)胞狀態(tài)...
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單細(xì)胞Day7-多樣本數(shù)據(jù)-25.細(xì)胞類型注釋 多樣本的注釋和單樣本的是一樣的。用的之前的自動注釋 6.分組可視化及組間細(xì)胞比例比較 示例中：54 55 56是實(shí)驗(yàn)組，57 ...
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單細(xì)胞Day7-多樣本數(shù)據(jù)-11.下載并整理數(shù)據(jù) 演示數(shù)據(jù)：GSE231920，3個(gè)treat+3個(gè)control 1.1字符串處理的函數(shù) stringr包里的函數(shù)：str_...
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單細(xì)胞Day6-marker基因和注釋1.加載數(shù)據(jù) 直接加載之前的obj.Rdata 2.計(jì)算makergene 和差異基因里面的上調(diào)基因有點(diǎn)類似，某個(gè)基因在某一簇細(xì)胞里表達(dá)量都很高...
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單細(xì)胞Day5-單細(xì)胞單樣本數(shù)據(jù)的處理1.下載和整理數(shù)據(jù) 示例https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE231920...
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單細(xì)胞Day41.批量安裝包 1.1 require和library 區(qū)別：（1）library 會在包沒有安裝時(shí)拋出錯誤，終止執(zhí)行。require 會在包沒...
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連鎖與交換連鎖與交換定律 連鎖（Linkage）：同一染色體上的基因以及它們所控制的性狀結(jié)合在一起傳遞的現(xiàn)象。交換（Crossing Over）：減數(shù)分裂...