day9-1 單細(xì)胞數(shù)據(jù)的二次分群 1.背景 Seurat里的FindClusters函數(shù)設(shè)置的resolution數(shù)值越大，分群的數(shù)量就越多，但是當(dāng)單細(xì)胞數(shù)量太多的時(shí)候，會(huì)...
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day9-1 單細(xì)胞數(shù)據(jù)的二次分群 -
單細(xì)胞Day8-2-多樣本擬時(shí)序1.導(dǎo)入數(shù)據(jù) 類似單樣本，輸入數(shù)據(jù)是seurat做完降維聚類分群注釋的數(shù)據(jù) 但是table的時(shí)候每種細(xì)胞數(shù)目不一樣 但是每個(gè)樣本的細(xì)胞數(shù)和metadata是一樣的 UMAP長(zhǎng)...
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單細(xì)胞Day8-1-單樣本擬時(shí)序1.定義 做擬時(shí)序分析是為了探索自己感興趣的幾種細(xì)胞之間的發(fā)育關(guān)系，一般不是用全部類型的細(xì)胞來(lái)做的。以下是進(jìn)行擬時(shí)序分析的幾個(gè)主要目的：細(xì)胞狀態(tài)推斷、細(xì)胞軌跡追蹤、細(xì)胞命運(yùn)預(yù)...
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單細(xì)胞Day7-多樣本數(shù)據(jù)-25.細(xì)胞類型注釋 多樣本的注釋和單樣本的是一樣的。用的之前的自動(dòng)注釋 6.分組可視化及組間細(xì)胞比例比較 示例中：54 55 56是實(shí)驗(yàn)組，57 58 59是對(duì)照如果看不到，需...
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單細(xì)胞Day7-多樣本數(shù)據(jù)-11.下載并整理數(shù)據(jù) 演示數(shù)據(jù)：GSE231920，3個(gè)treat+3個(gè)control 1.1字符串處理的函數(shù) stringr包里的函數(shù)：str_sub()：用于從字符串中提取...
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單細(xì)胞Day6-marker基因和注釋1.加載數(shù)據(jù) 直接加載之前的obj.Rdata 2.計(jì)算makergene 和差異基因里面的上調(diào)基因有點(diǎn)類似，某個(gè)基因在某一簇細(xì)胞里表達(dá)量都很高，在其他簇表達(dá)量很低，那么這個(gè)...
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單細(xì)胞Day5-單細(xì)胞單樣本數(shù)據(jù)的處理1.下載和整理數(shù)據(jù) 示例https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE231920[https://www.nc...
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單細(xì)胞Day41.批量安裝包 1.1 require和library 區(qū)別：（1）library 會(huì)在包沒有安裝時(shí)拋出錯(cuò)誤，終止執(zhí)行。require 會(huì)在包沒有安裝時(shí)返回 FALSE，允許...
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R繪圖|pheatmap熱圖繪制——高階篇
繪圖場(chǎng)景：在高通量檢測(cè)數(shù)據(jù)中，我們?cè)跀?shù)據(jù)展示上往往都喜歡將感興趣的功能或者通路基因繪制成熱圖形式，能夠讓讀者一目了然的發(fā)現(xiàn)某功能是增強(qiáng)了？還是減弱了？在實(shí)際過(guò)程中，表型實(shí)驗(yàn)上...
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廈大本科，清華生科院博士生在讀，對(duì)表觀遺傳，計(jì)算生物學(xué)，發(fā)育生物學(xué)領(lǐng)域感興趣
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@好記性And爛筆頭 同問(wèn)，請(qǐng)問(wèn)小伙伴找到了嗎
基因突變檢測(cè)之Mutect2
寫在前面的話 今天是2021年1月3號(hào)，年底一番瞎忙活，停更了好長(zhǎng)一段時(shí)間的簡(jiǎn)書。人生中有個(gè)很重要伯樂(lè)導(dǎo)師告訴我，在這個(gè)事多的工作環(huán)境下，沒人愿意看你太多的廢話。直奔重點(diǎn)才是...
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R語(yǔ)言里面的apply()家族簡(jiǎn)述這個(gè)教程目的在于介紹apply()家族在R語(yǔ)言的用法，apply()函數(shù)算是R語(yǔ)言里面很基礎(chǔ)的一個(gè)函數(shù)，同時(shí)還有sapply()、lapply()、tapply()函數(shù)精簡(jiǎn)了...
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數(shù)量性狀遺傳性狀分類 質(zhì)量性狀（qualitative trait）表型之間截然不同，具有質(zhì)的差別，用文字描述的性狀，在群體中呈間斷分布。如豌豆花色，籽粒是否飽滿。也叫簡(jiǎn)單性狀。復(fù)雜性狀...
