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R語(yǔ)言相關(guān)性分析步驟到底怎么組合？
用原始表型獲得相關(guān)性系數(shù)的矩陣數(shù)據(jù)的話，則可以使用psych包的corr.test函數(shù)。導(dǎo)入數(shù)據(jù)，注意不要表頭不要在里面，不然不能識(shí)別，而且不能...
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excel行列轉(zhuǎn)置，表格處理重復(fù)項(xiàng)①在E2單元格輸入以下數(shù)組公式，②按Ctrl+Shift+Enter組合鍵結(jié)束，③然后向右向下填充公式 =INDEX(B,SMALL(IF(2:...
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多表型大文件GWAS結(jié)果使用R語(yǔ)言提取匯總
本腳本適用于GAPIT產(chǎn)生的GWAS結(jié)果： 匯總文件在tmp中，輸出為csv即可。提取的僅僅是顯著位點(diǎn)（閾值自己調(diào)整）
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樹莓派4b安裝ubuntu18.04 server清華源后unzip寶塔
首先找到/etc/apt/source.list，修改成如下即可 用vim全選刪除，直接粘貼，wq保存即可、 之后 安裝好寶塔，愉快的玩耍吧
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R語(yǔ)言數(shù)據(jù)整理之行列互換
統(tǒng)計(jì)分析時(shí)候常常格式錄入時(shí)候并不是R包想要的格式，如果數(shù)據(jù)量很大，用excel轉(zhuǎn)換及其麻煩，可以考慮使用reshape2包中的melt函數(shù)進(jìn)行轉(zhuǎn)...
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根據(jù)HMP文件統(tǒng)計(jì)區(qū)間內(nèi)SNP的個(gè)數(shù)
現(xiàn)有區(qū)間如上，需要統(tǒng)計(jì)各區(qū)間內(nèi)的SNP個(gè)數(shù) (示例文件中的Chr文件） 公司返還的，或者說(shuō)從hmp等格式上截取下來(lái)的之后SNP位點(diǎn)，例如下圖 由...
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服務(wù)器上安裝bioconductor時(shí)遇到的問題
安裝bioconductor這次遇到了很大的問題，一直提示若干其他的問題，發(fā)現(xiàn)還是網(wǎng)速的和網(wǎng)絡(luò)鏈接的問題導(dǎo)致的，時(shí)好時(shí)不好，這里在在服務(wù)器中安裝...
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LDheatmap包使用
繪制染色體特定片段的LDheatmap使用LDheatmap包genetics轉(zhuǎn)換數(shù)據(jù)格式
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GAPIT結(jié)果運(yùn)算和匯總
我們GWAS常用的軟件GAPIT很方便，但是如果表型數(shù)據(jù)多，將最后的數(shù)據(jù)進(jìn)行匯總和處理將也是一件很麻煩的事情。這里，我嘗試編寫了一個(gè)小腳本，可以...