寫在前面 這次分享的是遺傳所周檢民老師在2018年應(yīng)邀在《Annual Review of Plant Biology》發(fā)表的有關(guān)植物RLCK在參與植物各種生物過程的綜述"R...
IP屬地：上海
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【文獻(xiàn)分享】植物RLCK參與各種生物過程的綜述 -
如何優(yōu)雅地做出高逼格的Western Blot？Western Blot（WB），蛋白免疫印跡法，一句話，定性、定量檢測蛋白表達(dá)的一種經(jīng)典、有效的技術(shù)方法。 將電泳分離的細(xì)胞或組織蛋白轉(zhuǎn)移到PVDF膜上，用特定抗體結(jié)合蛋白...
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頭像女朋友╰(￣▽￣)╭<br>文章以后只會在公眾號更新：<br>哈隊長的雜室
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從Uniprot那里得到對應(yīng)的擬南芥基因ID
最近有個需求，就是給定一個蛋白質(zhì)的ID號，就知道它是什么基因。比如說O49397。但有個問題是，我并不知道這是個什么東西，于是我就去搜了下。 發(fā)現(xiàn)這其實是Uniport網(wǎng)站的...
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牛逼了，兄弟
R語言爬取NCBI大豆基因Locus tag數(shù)據(jù)
前言 本人生信小白，爬取代碼參考R語言批量爬取NCBI基因注釋數(shù)據(jù)(以下簡稱R文)以及一份新手友好的R語言爬蟲教程,函數(shù)的解釋及說明可在R文中找到。由于R文是爬取人的基因注釋...
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R語言爬取NCBI大豆基因Locus tag數(shù)據(jù)
前言 本人生信小白，爬取代碼參考R語言批量爬取NCBI基因注釋數(shù)據(jù)(以下簡稱R文)以及一份新手友好的R語言爬蟲教程,函數(shù)的解釋及說明可在R文中找到。由于R文是爬取人的基因注釋...
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系統(tǒng)發(fā)育比較分析—R系統(tǒng)發(fā)育樹是研究物種進(jìn)化歷史必不可少的信息，我們可以利用它得到一些重要歷史線索，如： 生物多樣性（物種形成或滅絕）； 物種性狀進(jìn)化與多樣化（Character evoluti...
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西澳大學(xué)生物信息博士一枚<br>研究方向: 植物泛基因組與群體基因組學(xué)的挖掘<br><br>簡信不回答問題，有問題發(fā)至<br>lakeseafly50@gmail.com
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R語言相關(guān)性分析步驟到底怎么組合？
用原始表型獲得相關(guān)性系數(shù)的矩陣數(shù)據(jù)的話，則可以使用psych包的corr.test函數(shù)。導(dǎo)入數(shù)據(jù)，注意不要表頭不要在里面，不然不能識別，而且不能兩列沒有一個相關(guān)的數(shù)據(jù)。 接下...
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excel行列轉(zhuǎn)置，表格處理重復(fù)項①在E2單元格輸入以下數(shù)組公式，②按Ctrl+Shift+Enter組合鍵結(jié)束，③然后向右向下填充公式 =INDEX(B,SMALL(IF(2:200=2:$200),4^8...
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多表型大文件GWAS結(jié)果使用R語言提取匯總
本腳本適用于GAPIT產(chǎn)生的GWAS結(jié)果： 匯總文件在tmp中，輸出為csv即可。提取的僅僅是顯著位點（閾值自己調(diào)整）
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樹莓派4b安裝ubuntu18.04 server清華源后unzip寶塔
首先找到/etc/apt/source.list，修改成如下即可 用vim全選刪除，直接粘貼，wq保存即可、 之后 安裝好寶塔，愉快的玩耍吧
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R語言數(shù)據(jù)整理之行列互換
統(tǒng)計分析時候常常格式錄入時候并不是R包想要的格式，如果數(shù)據(jù)量很大，用excel轉(zhuǎn)換及其麻煩，可以考慮使用reshape2包中的melt函數(shù)進(jìn)行轉(zhuǎn)換，代碼示例如下。
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關(guān)注：生物統(tǒng)計，數(shù)量遺傳，混合線性模型，生物信息，R，Perl，Python，GWAS，GS相關(guān)方法，文章及代碼<br>
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根據(jù)HMP文件統(tǒng)計區(qū)間內(nèi)SNP的個數(shù)
現(xiàn)有區(qū)間如上，需要統(tǒng)計各區(qū)間內(nèi)的SNP個數(shù) (示例文件中的Chr文件） 公司返還的，或者說從hmp等格式上截取下來的之后SNP位點，例如下圖 由重測序或者大芯片的行數(shù)過多，無...
