劉小澤寫于19.10.24筆記目的：根據(jù)生信技能樹的單細胞轉(zhuǎn)錄組課程探索Smartseq2技術(shù)及發(fā)育相關(guān)的分析課程鏈接在：http://jm.grazy.cn/index/m...
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Smartseq2 scRNA小鼠發(fā)育學(xué)習(xí)筆記-4-差異分析及功能注釋 -
珠江醫(yī)院腫瘤科簡書號，同時也歡迎大家關(guān)注我們的微信號！
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你好，請問這個在mac上的終端可以運行嗎
計算TMB
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腫瘤突變分析神器-maftools包得益于曾老師的介紹引導(dǎo)，了解此包。了解一個包，先看包的說明書，包的用法都在里面。maftools包說明書 1.安裝包，加載包 source("http://bioconduc...
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個人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問)
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課程會在2019年9月底之前錄制完畢并上線： 課程說明在：https://mp.weixin.qq.com/s/AV2uTbsvJGBRq_zv7yDmNg 所有代碼在：https://github.com/jmzeng1314/scRNA_smart_seq2 觀看鏈接 手機微信觀看（推薦）：http://jm.grazy.cn/wechat/course/detail?cid=53 電腦瀏覽器的鏈接 http://jm.grazy.cn/index/mulitcourse/detail.html?cid=53
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視頻在https://www.bilibili.com/video/av49363776 ，如果大家R語言能力不夠，就主要學(xué)習(xí)網(wǎng)頁工具 https://www.cbioportal.org/ 等等，如果R語言還行，就看代碼: https://github.com/jmzeng1314/tcga_example 如果確實有需要，還可以看看我們的付費內(nèi)容：地址是 http://jm.grazy.cn/index/mulitcourse/index.html
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腫瘤研究不能不知道的TCGA數(shù)據(jù)庫挖掘工具大全，TCGA再也不愁TCGA數(shù)據(jù)庫的挖掘工具層出不窮，從數(shù)據(jù)下載到數(shù)據(jù)挖掘，這里小編給大家整理一份官網(wǎng)的數(shù)據(jù)挖掘工具大全： 廣而告之 說一個事，鑒于簡書平臺在信息傳播方面有不足之處，應(yīng)粉絲要求，...
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一些生物信息學(xué)用到的軟件，工具，介紹用法安裝以及以及應(yīng)用的文章 ?? 測序組裝使用的Spades、canu等等 ?? 序列比對比如blast、bowtie、diamond等 ?? 多序列比對比如mega、clustalW、matff等 ?? 序列格式轉(zhuǎn)化的samtools、bedtools等等 ?? 可變剪接分析的rMATS、MISO ?? 微衛(wèi)星序列查找工具misa等 ?? call peak的工具macs2 ?? 文獻下載工具Sci-hub桌面版 ?? 進化樹構(gòu)建工具IQtree、ggtree等 ?? 同源基因查找工具OrthoMCL、OrthoFinder等 ?? 尋找測序中的結(jié)構(gòu)變異或者SNP序列GATK、bcftools等 ?? 宏基因組組裝與分析的anvi'o、QIMME ?? 測序質(zhì)量評估的FastQC、BUSCO、QUAST ?? 可視化工具比如IGV、3D Genome ?? 測序數(shù)據(jù)下載工具SRA Toolkit、ascp等 ?? 數(shù)據(jù)可視化的工具circos 等等
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利用全基因組和外顯子組測序分析snv,cnv,sv等突變形式
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免疫細胞組分 免疫基因 PD1 免疫治療biomarker
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公眾號: 醫(yī)科研<br>wechat: YKY7060
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