發(fā)簡信
IP屬地：黑龍江
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開始糞便樣品測序數(shù)據(jù)與血液組織樣品測序數(shù)據(jù)比對第一部分 1.首先第一步我獲得了所有下機數(shù)據(jù)的內(nèi)源基因組覆蓋度和測序深度，利用bamdst軟件對bam文件進行計算 2.第二步我利用一個pyth...
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尋找Indel和SV中的有害突變遺傳負荷
1.Indel中的有害變異篩選流程 2.直接進行篩選有害的 運行完腳本后就得到了一個只有遺傳負荷的VCF文件 2.尋找SV（結(jié)構(gòu)變異） extr...
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slim軟件工作流程
第一部分數(shù)據(jù)前處理（在得到一個vcf文件之后進行格式處理） 第二部分使用python腳本將基因型文件轉(zhuǎn)換為slim軟件可讀格式 第三部分運行sl...
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隨機配對操作步驟統(tǒng)計下圖的數(shù)據(jù)到excel 統(tǒng)計完后，這一代的數(shù)據(jù)就結(jié)束了，開始新的一代的數(shù)據(jù)處理和統(tǒng)計，請注意，新的一代的數(shù)據(jù)在每個分支的test1文件夾中繼...
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操作步驟
當前工作路徑
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模擬繁殖配對隨機配對工作流程
服務器基礎操作 1.運行第一步模擬繁殖配對 命令 先利用命令cd .. 回到workspace，然后再cd 01.test，運行第二步的命令 2...
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計算d-distance以及Heterozygosity_Ratio的計算
我首先要介紹一下d-distance的計算方法 1.遺傳距離規(guī)則： 2.VCF文件解析 3.計算公式 n 為總共參與計算的位點數(shù)（不包括缺失位點...
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重新進行配對方案的評估（參數(shù)計算全部流程-以78只個體的基因組vcf.gz文件和方案制定思路探討）目標：這篇文章將重新進行配對方案的評估，記錄詳細的數(shù)據(jù)處理過程，計算參數(shù)包括Het、親緣系數(shù)R、Froh、配對ROH消除概率、遺傳負荷、配對實現(xiàn)...
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個體識別、親子分析、個體溯源將匯報所用到的分析腳本和繪圖腳本進行整合 1.個體識別基因組相似度熱圖 2.個體識別深度降低造成準確度下降箱線圖和散點圖 3.4 計算位點的平均...