第一部分 1.首先第一步我獲得了所有下機數(shù)據(jù)的內(nèi)源基因組覆蓋度和測序深度，利用bamdst軟件對bam文件進(jìn)行計算 2.第二步我利用一個python腳本計算了所有質(zhì)控后下機數(shù)...
發(fā)簡信
IP屬地：黑龍江
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開始糞便樣品測序數(shù)據(jù)與血液組織樣品測序數(shù)據(jù)比對 -
每日paper - 20220216 - Review - 基于基因組數(shù)據(jù)的遺傳負(fù)荷研究Genetic load: genomic estimates and applications in non-model animals[https://www.natur...
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尋找Indel和SV中的有害突變遺傳負(fù)荷
1.Indel中的有害變異篩選流程 2.直接進(jìn)行篩選有害的 運行完腳本后就得到了一個只有遺傳負(fù)荷的VCF文件 2.尋找SV（結(jié)構(gòu)變異） extract_deleterious...
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slim軟件工作流程
第一部分?jǐn)?shù)據(jù)前處理（在得到一個vcf文件之后進(jìn)行格式處理） 第二部分使用python腳本將基因型文件轉(zhuǎn)換為slim軟件可讀格式 第三部分運行slim腳本進(jìn)行繁殖模擬 第四部分...
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模擬繁殖配對隨機配對工作流程
服務(wù)器基礎(chǔ)操作 1.運行第一步模擬繁殖配對 命令 先利用命令cd .. 回到workspace，然后再cd 01.test，運行第二步的命令 2.運行第二步修改個體編號 3....
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計算d-distance以及Heterozygosity_Ratio的計算
我首先要介紹一下d-distance的計算方法 1.遺傳距離規(guī)則： 2.VCF文件解析 3.計算公式 n 為總共參與計算的位點數(shù)（不包括缺失位點）。D_i 為第 i 個位點的...
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重新進(jìn)行配對方案的評估（參數(shù)計算全部流程-以78只個體的基因組vcf.gz文件和方案制定思路探討）目標(biāo)：這篇文章將重新進(jìn)行配對方案的評估，記錄詳細(xì)的數(shù)據(jù)處理過程，計算參數(shù)包括Het、親緣系數(shù)R、Froh、配對ROH消除概率、遺傳負(fù)荷、配對實現(xiàn)負(fù)荷轉(zhuǎn)換為潛在負(fù)荷概率。利用這...
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個體識別、親子分析、個體溯源將匯報所用到的分析腳本和繪圖腳本進(jìn)行整合 1.個體識別基因組相似度熱圖 2.個體識別深度降低造成準(zhǔn)確度下降箱線圖和散點圖 3.4 計算位點的平均間距 3.5 比較每個個體之間...
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進(jìn)行各項指標(biāo)之間的相關(guān)性分析
1.下載數(shù)據(jù)腳本 2.進(jìn)行ROH的計算 2.計算het 3.計算load LOF分析 個體之間平均雜合度計算腳本 個體之間親緣系數(shù)計算 個體之間相同位點共同雜合度不同情況統(tǒng)計...
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利用LD連鎖不平衡指標(biāo)計算當(dāng)前種群有效種群規(guī)模根據(jù)華南虎的譜系，我得到了每個華南虎個體所屬的世代，我將老虎按照各自的世代進(jìn)行分群，分析隨著世代的增加，各項遺傳參數(shù)的變化 1.計算當(dāng)前有效種群規(guī)模 根據(jù)Hill and W...
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開題報告之前下游數(shù)據(jù)分析全流程將整個數(shù)據(jù)處理流程進(jìn)行匯總 1.通過閱讀文獻(xiàn)，了解到進(jìn)行LD修剪要謹(jǐn)慎，建議提高ROH檢測的嚴(yán)格標(biāo)準(zhǔn)來糾正由LD引起的假陽性ROH 2.比較Fped與不同質(zhì)控條件下FROH之...