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2022-04-27使用 GSDS 繪制基因結(jié)構(gòu)圖GSDS[http://gsds.cbi.pku.edu.cn/] 是由北京大學(xué)生物信息學(xué)中心提供的用于顯示基因外顯子、內(nèi)含子、保守元件的組成和位置的一個在線服務(wù)，全英文界面...
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植物啟動子-順式作用元件-批量提取-預(yù)測-可視化分析寫在前面 以前總看到問題是，基因結(jié)構(gòu)可視化的問題；現(xiàn)在則變成了啟動子元件的預(yù)測或者說可視化。這本身比較簡單，也比較玄乎，所以我一直不是太樂意與別人討論。但學(xué)院今天斷網(wǎng)，手上的...
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基因家族分析1 || 基本概念及數(shù)據(jù)下載基本分析內(nèi)容 ? 基因家族概念? 數(shù)據(jù)庫檢索與成員鑒定? 蛋白成員基本特性和基因結(jié)構(gòu)分析? 多序列比對和進化樹分析? 保守結(jié)構(gòu)域和模體分析（motif注釋...
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基因家族分析（5）：基因家族基因結(jié)構(gòu)可視化本文主要工作：對SBT基因家族的基因結(jié)構(gòu)進行可視化呈現(xiàn) 4.2 基因結(jié)構(gòu)可視化 可視化基因結(jié)構(gòu)，無非就是展示基因區(qū)域的組成：3’,5’-UTR，exon或展示CDS，intr...
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基因家族分析（3）進化樹構(gòu)建及美化基因家族樹構(gòu)建最常用的方法是 NJ 法和 ML 方法，構(gòu)建進化樹之前，需要進行多序列比對。 多序列比對 多序列比對的作用是將核酸或者氨基酸序列對齊，使得相同殘基的位點位于同一...
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基因家族分析4 || 多序列比對和進化樹分析
基因家族流程：基因家族分析（一） 基因家族流程：基因家族分析（二） 基因家族流程：基因家族分析（三） ====================================...
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基因家族分析（2）：基因家族鑒定與蛋白質(zhì)性質(zhì)簡單分析本文主要工作內(nèi)容：（1）使用HMM和NCBI-CDD對基因家族進行鑒定（2）使用幾個網(wǎng)站對基因家族表達蛋白質(zhì)的簡單性質(zhì)進行分析 2.基因家族鑒定與基本特征探究 2.1 基因家...
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motif分析-MEME
1 什么是motif分析 在DNA或蛋白的同源序列中，不同位點的保守程度是不一樣的，一般來說，對DNA或蛋白質(zhì)功能和結(jié)構(gòu)影響比較大的位點會比較保守，其它位點則不是很保守。這些...
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meme CentriMo富集 motif匹配序列的獲取背景 當我們使用 CentriMo 進行motif 富集后，如采用下面的命令 會在test目錄產(chǎn)生三個文件（centrimo.html，centrimo.tsv，site_c...
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MEME Motif分析的并行運算
MEME 安裝 我的一些基本環(huán)境 CentOS 7.8 Bash 4.2.46 gcc 9.1.0 并行依賴 / MPICH安裝 若需要并行計算的話，在安裝MEME之前，需要...
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Linux 環(huán)境變量配置全攻略
Linux環(huán)境變量配置 在自定義安裝軟件的時候，經(jīng)常需要配置環(huán)境變量，下面列舉出各種對環(huán)境變量的配置方法。 下面所有例子的環(huán)境說明如下： 系統(tǒng)：Ubuntu 14.0 用戶名...
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RAxML建最大似然樹教程（Linux）
RAxML最新的幫助手冊下載網(wǎng)址： https://cme.h-its.org/exelixis/resource/download/NewManual.pdf?msclki...
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基因家族分析（3）：序列比對與進化樹構(gòu)建本文主要工作：(1) 按前期處理鳳梨所需分析數(shù)據(jù)下載并處理擬南芥分析數(shù)據(jù)(2) 對擬南芥和鳳梨 SBT基因家族cds序列進行比對，并構(gòu)建進化樹文件 3.序列比對與進化樹構(gòu)建 ...
