S?rensen 指數(shù)和 Jaccard 指數(shù)作為配對樣方間β 多樣性的度量，使用 Baselga 在 2010 和 2012 年提出的 β 多樣性分解方法結(jié)合 Legend...
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周轉(zhuǎn)（repl）和嵌套（nest）對β多樣性貢獻(xiàn)的分解
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微生物多樣性qiime2分析流程(13) 數(shù)據(jù)可視化分析(中) 之 繪制pro版PCOA分析圖繪制一個帶統(tǒng)計(jì)信息花里胡哨的PCOA圖，喜歡的小伙伴可以用以下代碼嘗試
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如何高效的使用chrome瀏覽器如何高效的使用chrome瀏覽器 瀏覽器大概是我們打開電腦最常用的應(yīng)用，查找資料、看視頻、在線辦公都離不開它。很多時候我們搜索一個資料往往要在繁多的廣告中找好久才能找到合適的...
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ggplot2自定義添加P值數(shù)據(jù)分析中通常都需要對數(shù)據(jù)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)，仿佛加個P值就能顯得論文數(shù)據(jù)更加專業(yè)一點(diǎn)，本節(jié)不介紹如何計(jì)算P值，我們來介紹如何給圖片自定義添加p值 ggsingif來進(jìn)行一個統(tǒng)計(jì)檢...
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ggplot2優(yōu)雅的繪制高端熱圖本節(jié)來介紹如何通過ggplot2繪制復(fù)雜熱圖 加載R包 加載數(shù)據(jù) 數(shù)據(jù)清洗 繪制熱圖 ggtree繪制聚類樹 繪制樣本分類色條 基因長度信息可視化 基因平均表達(dá)量可視化 展示...
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[R構(gòu)建函數(shù)基礎(chǔ)篇] 計(jì)算多樣性指數(shù)及繪圖本節(jié)來介紹如何R來自定義構(gòu)建函數(shù)來進(jìn)行多樣性指數(shù)計(jì)算及繪圖 加載R包 導(dǎo)入數(shù)據(jù) 定義函數(shù)計(jì)算多樣性指數(shù) 導(dǎo)出指數(shù)計(jì)算結(jié)果 整理繪圖文件 在此選取我們需要的數(shù)據(jù)來進(jìn)行展示 定義...
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箱線圖進(jìn)行方差分析并添加顯著性標(biāo)記歡迎關(guān)注R語言數(shù)據(jù)分析指南 本節(jié)來介紹如何在計(jì)算多樣性指數(shù)的基礎(chǔ)上來進(jìn)行顯著性標(biāo)記，可在文末找到獲取數(shù)據(jù)的方式 加載R包 導(dǎo)入數(shù)據(jù) 定義函數(shù)計(jì)算多樣性指數(shù) 數(shù)據(jù)整理 定義顏色...
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公眾號 R語言數(shù)據(jù)分析指南，歡迎大家關(guān)注
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利用MicrobiotaProcess完成LEFse分析（近似）對于Lefse來說，首先測試所有特征在不同類中的值是否存在差異分布。其次，對顯著不同的特征進(jìn)行事后檢驗(yàn)，不同類中子類之間的所有兩兩比較應(yīng)都明顯符合類趨勢。最后，利用線性判別分...
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非常感謝作者詳實(shí)的步驟????????????
一文完不成qiime2微生物多樣性分析(2021版上)
之前寫過一系列qiim2的教程都是零零散散的記錄，里面也有不少命令打錯的步驟給各位小伙伴造成了不少的疑惑，恰逢qiime2-2020.11發(fā)布，所以就在重新總結(jié)一次，這次稍后...
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6.7 特征表統(tǒng)計(jì)
time qiime feature-table summarize
--i-table table-rename.qza#otu_table-rename.qza嘛？
--o-visualization table.qzv
--m-sample-metadata-file sample-metadata.tsv
作者：R語言數(shù)據(jù)分析指南
鏈接：http://www.itdecent.cn/p/725ee7a106b2
來源：簡書
著作權(quán)歸作者所有。商業(yè)轉(zhuǎn)載請聯(lián)系作者獲得授權(quán)，非商業(yè)轉(zhuǎn)載請注明出處。一文完不成qiime2微生物多樣性分析(2021版上)
之前寫過一系列qiim2的教程都是零零散散的記錄，里面也有不少命令打錯的步驟給各位小伙伴造成了不少的疑惑，恰逢qiime2-2020.11發(fā)布，所以就在重新總結(jié)一次，這次稍后...
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6.4 R更改特征表名稱
library(pacman)
pacman::p_load(tidyverse,magrittr,stringr)
otu <- "otu_table.tsv" %>%
read.delim(check.names = FALSE,header = T,sep="\t")
rown <- patse0("ASV",seq_len(nrow(otu)))#函數(shù)應(yīng)為paste0，誤寫成patse了吧
otu[,1] <- rown
colnames(otu)[1] <- paste0("ASV",colnames(data)[1])
write.table (otu,file ="otu_table.tsv",sep ="\t",row.names = T,quote = F)#row.names = T應(yīng)改為 row.names = F 吧
作者：R語言數(shù)據(jù)分析指南
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來源：簡書
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python: 整理Unicycler基因組組裝結(jié)果
導(dǎo)讀 將二代三代Unicycler混合組裝結(jié)果進(jìn)行整理：抽提染色體/質(zhì)粒序列，統(tǒng)計(jì)GC含量，統(tǒng)計(jì)序列長度，結(jié)構(gòu)。 一、Unicycler結(jié)果 Unicycler二代、三代混合...
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