@周運(yùn)來就是我 max_components這個維度改為3之后，是變成三維了嗎？可我看命令說明的時候這個參數(shù)直接就被定義成了2
scRNA-seq擬時分析 || Monocle2 踩坑教程擬時（pseudotime）分析，又稱細(xì)胞軌跡（cell trajectory）分析，通過擬時分析可以推斷出發(fā)育過程細(xì)胞的分化軌跡或細(xì)胞亞型的演化過程，在發(fā)育相關(guān)研究中使用頻...
@堯小飛 調(diào)整PCA數(shù)目不是在seurat中改變了分群嗎，這個怎么會影響到擬時？order基因我在自己選擇后沒有什么變化，不知道怎么調(diào)整了
Monocle擬時間分析隨筆輸入文件導(dǎo)入方法 Monocle擬時間導(dǎo)入數(shù)據(jù)方式有兩種，一種是通過導(dǎo)入Seurat對象，一種是導(dǎo)入cellranger輸出的表達(dá)矩陣（三個文件barcodes.tsv g...
@周運(yùn)來就是我 調(diào)整ordering gene 嗎，維度怎么調(diào)整，這個我不太明白，還請賜教
scRNA-seq擬時分析 || Monocle2 踩坑教程擬時（pseudotime）分析，又稱細(xì)胞軌跡（cell trajectory）分析，通過擬時分析可以推斷出發(fā)育過程細(xì)胞的分化軌跡或細(xì)胞亞型的演化過程，在發(fā)育相關(guān)研究中使用頻...
樓主，請問為什么明明在發(fā)育上有明確前后關(guān)系的細(xì)胞群，做出的擬時軌跡不是一條線，而是會有一個分支，怎么才能將這個分支給去掉？
scRNA-seq擬時分析 || Monocle2 踩坑教程擬時（pseudotime）分析，又稱細(xì)胞軌跡（cell trajectory）分析，通過擬時分析可以推斷出發(fā)育過程細(xì)胞的分化軌跡或細(xì)胞亞型的演化過程，在發(fā)育相關(guān)研究中使用頻...
monocle2可以做出沒有分支點的擬時軌跡嗎，要怎么做
Monocle擬時間分析隨筆輸入文件導(dǎo)入方法 Monocle擬時間導(dǎo)入數(shù)據(jù)方式有兩種，一種是通過導(dǎo)入Seurat對象，一種是導(dǎo)入cellranger輸出的表達(dá)矩陣（三個文件barcodes.tsv g...
要求R與python安裝在一個目錄下嗎
reticulate: R interface to Python作者：JJ Allaire 翻譯：黃小偉，先后從事游戲、社交及金融數(shù)據(jù)研究及應(yīng)用相關(guān)工作，目前就職網(wǎng)易杭州 一. 基礎(chǔ)介紹 CRAN已于2018年3月21日收錄reticul...
現(xiàn)在ｍｏｎｏｃｌｅ是不是不支持從ｓｅｕｒａｔ?。郑硨?dǎo)入數(shù)據(jù)了
實驗記錄10: 用Monocle進(jìn)行偽時間分析概要 本文主要討論Seurat對象導(dǎo)入到Monocle中直接進(jìn)行分析的可行性，分兩種情況：①經(jīng)過數(shù)據(jù)清洗、標(biāo)準(zhǔn)化和聚類的Seurat對象導(dǎo)入②未經(jīng)過任何處理的Seurat對象...
在做兩個完全不同細(xì)胞樣品的聚類分析時，為什么也會被聚在一起，成為一個CLUSTER
實驗記錄3：用R包Seurat進(jìn)行QC、PCA分析與t-SNE聚類版本信息： Seurat v2.0不是3.0！現(xiàn)在Seurat更新了3.0版本，下載也是默認(rèn)的3.0，這篇記錄只適用于用2.0的。 梗概 將Cellranger中的基因表達(dá)矩...
RAIR是啥啊
PAIR陪伴的圓夢留學(xué)旅程（不是軟文，真實經(jīng)歷） 萬萬沒想到，在踏入PAIR的辦公室那一天，竟然是將我人生軌跡扭轉(zhuǎn)的開始。 我是一名來自中山大學(xué)的標(biāo)準(zhǔn)中等生，攻讀生物技術(shù)專業(yè)，GPA在三等獎邊緣來回試...
請問一下：genes.use <- intersect(genes.use, rownames(LBZ_N_5_RNA@scale.data))
這一步報錯，說找不到LBZ_N_5_RNA？
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序分析--再說Seurat上期我們講了使用Seurat分析單個樣本，那么2個或多個樣本的分析會有哪些不同呢？單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中一個重要的問題就在于批次效應(yīng)，任何一個試驗步驟都容易帶來批次效應(yīng)，多個樣本...
可以在tSNE圖上，以細(xì)胞來源分類嗎？
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序分析--初探Seurat單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序--閑言碎語 時代發(fā)展的步伐總是毫不留情的將你甩在身后，連車尾燈都看不見。當(dāng)你還在沉迷于普通轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)挖掘時，已經(jīng)有人悄悄的搞上單細(xì)胞了。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序，顧...
@MC學(xué)公衛(wèi) 收多個時間的樣品，我希望能做出按時間分類的tSNE圖，但現(xiàn)在我只能做出來按cluster分類的圖
實驗記錄10: 用Monocle進(jìn)行偽時間分析概要 本文主要討論Seurat對象導(dǎo)入到Monocle中直接進(jìn)行分析的可行性，分兩種情況：①經(jīng)過數(shù)據(jù)清洗、標(biāo)準(zhǔn)化和聚類的Seurat對象導(dǎo)入②未經(jīng)過任何處理的Seurat對象...
大神，怎么給每個細(xì)胞追加時間標(biāo)記呢
實驗記錄10: 用Monocle進(jìn)行偽時間分析概要 本文主要討論Seurat對象導(dǎo)入到Monocle中直接進(jìn)行分析的可行性，分兩種情況：①經(jīng)過數(shù)據(jù)清洗、標(biāo)準(zhǔn)化和聚類的Seurat對象導(dǎo)入②未經(jīng)過任何處理的Seurat對象...
