發(fā)簡信
IP屬地：上海
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生信6--SAM和blasttab+過濾一樣的結(jié)果
我在處理數(shù)據(jù)的時(shí)候發(fā)現(xiàn)sam文件和blasttab+文件排序不同sam文件是按照reference里面的名字排序的，而blasttab+是從高到...
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python 無聊的包python內(nèi)置的很有趣的包 import import this
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生信5--python多線程multiprocessing模塊
用multiprocessing模塊來多線程from multiprocessing import Process 先用列表建立一堆Proces...
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生信4--用python將blasttab+格式文件和fasta文件寫成class對象并給予方法
blasttab+結(jié)果寫成class先每一行解析一下 發(fā)現(xiàn)不是很方便，那就把每一行形成一個(gè)列表寫成類對象，用了pandas模塊方便一點(diǎn) 這樣，運(yùn)...
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生信3--使用python搭建生信流程之python交互式運(yùn)行本地化blastn
最近正好用python重新搭建流程，就展示一下python和Linux系統(tǒng)的互動(dòng)os是operating system（操作系統(tǒng)）的縮寫，所以P...
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生信2--利用Biopython解析genebank格式文件Ncbi下載的文件很多是注釋完的Genebank格式文件，如果只有一個(gè)菌株的全基因組注釋還能人工通過查刪改，如果是一個(gè)文件含有大量的菌株，就要自...
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python1--PDF轉(zhuǎn)化成txt
很多文獻(xiàn)都是PDF的格式，特別是很多文獻(xiàn)附有表格，要是能夠直接抓取就好了，正好python有一個(gè)pdfplumber包，可以解析PDF格式文件 ...
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生信1--從fasta文件中根據(jù)位置信息提取指定區(qū)域的片段
作為生信工程師，終于掌握了python面對對象編程的思路，開始磨刀霍霍使用屠龍之術(shù)。但是在此之前還是好好從簡單的代碼出發(fā) 好記性不如爛筆頭，所以...
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Snakemake的初步安裝本人以前一直使用腳本搭建數(shù)據(jù)分析pipeline，想著能不能使用什么軟件管理一下。就百度到了Snakemake軟件可以用于搭建流程，初步安裝一下...