IP屬地：江西
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Ubuntu Server安裝及配置下載準備 UltraISO下載，Ubuntu Server iso下載 啟動盤制作 啟動UltraISO，打開Ubuntu iso文件，寫入硬盤...
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RNA-seq無比對直接定量(Kallisto - sleuth流程)RNA-seq數(shù)據(jù)下載 數(shù)據(jù)來自文獻：An RNA-Seq transcriptome and splicing database of neu...
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Reanalysis of mouse ENCODE mRNA-seq前言 ENCODE項目團隊發(fā)表在PNAS上的文章表示：通過數(shù)據(jù)分析基因的表達水平在同一個物種不同組織間的相似性比不同物種的相同組織還要高。這與之...
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轉(zhuǎn)錄組入門(8)： 差異基因結(jié)果注釋前言 我們統(tǒng)一選擇p<0.05而且abs(logFC)大于1的基因為顯著差異表達基因集，對這個基因集用R包做KEGG/GO超幾何分布檢驗分析。然...
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轉(zhuǎn)錄組入門(7)： 差異基因分析前言 轉(zhuǎn)錄組入門(7)： 差異基因分析這個步驟推薦在R里面做，載入表達矩陣，然后設(shè)置好分組信息，統(tǒng)一用DEseq2進行差異分析，當然也可以走走e...
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轉(zhuǎn)錄組入門(6)： reads計數(shù)前言 實現(xiàn)這個功能的軟件也很多，還是煩請大家先自己搜索幾個教程，入門請統(tǒng)一用htseq-count，對每個樣本都會輸出一個表達量文件。需要用腳本...
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轉(zhuǎn)錄組入門(5)： 序列比對前言 比對軟件很多，首先大家去收集一下，因為我們是帶大家入門，請統(tǒng)一用hisat2，并且搞懂它的用法。直接去hisat2的主頁下載index文件...
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轉(zhuǎn)錄組入門(3)：了解fastq測序數(shù)據(jù)前言 來源還是生信技能樹。 需要用安裝好的sratoolkit把sra文件轉(zhuǎn)換為fastq格式的測序文件，并且用fastqc軟件測試測序文件的質(zhì)...
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轉(zhuǎn)錄組入門(2)：讀文章拿到測序數(shù)據(jù)前言 本課程來源于生信技能樹。 本系列課程學(xué)習(xí)的文章是：AKAP95 regulates splicing through scaffoldin...