寫(xiě)在前面 什么時(shí)候?qū)?csvtk 呀,csvtk 也借鑒了些 datamash 的東西。 之前寫(xiě) datamash 的使用教程,收到了一位讀者的私信,內(nèi)容如上。 話說(shuō)這位讀者...
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說(shuō)明:因?yàn)槠脚_(tái)限制和平臺(tái)廣告等原因,今后的文章將不在簡(jiǎn)書(shū)更新,請(qǐng)移步并訂閱個(gè)人博客 說(shuō)明:因?yàn)槠脚_(tái)限制和平臺(tái)廣告等原因,今后的文章將不在簡(jiǎn)書(shū)更新,請(qǐng)移步并訂閱個(gè)人博客 說(shuō)明:...
@風(fēng)吹過(guò)94 Bam文件,Sashimi plot
轉(zhuǎn)錄組入門(mén)(6): reads計(jì)數(shù)前言 實(shí)現(xiàn)這個(gè)功能的軟件也很多,還是煩請(qǐng)大家先自己搜索幾個(gè)教程,入門(mén)請(qǐng)統(tǒng)一用htseq-count,對(duì)每個(gè)樣本都會(huì)輸出一個(gè)表達(dá)量文件。需要用腳本合并所有的樣本為表達(dá)矩陣。參考...
R里面怎么把%uxxx中的%u替換為\u
「答果子問(wèn)」R語(yǔ)言如何提取特定的字符串R語(yǔ)言如何提取特定的字符串 這個(gè)帖子是為了果子的一個(gè)提問(wèn) R語(yǔ)言能不能實(shí)現(xiàn)匹配括號(hào)里面的內(nèi)容, 但是不包括括號(hào) 這個(gè)問(wèn)題來(lái)自于他的一篇帖子有些GEO平臺(tái)的探針轉(zhuǎn)換比較麻煩, ...
一、背景知識(shí) CHIP-seq染色體免疫共沉淀技術(shù)。是研究==細(xì)胞內(nèi)DNA與蛋白質(zhì)互作==就是將chip實(shí)驗(yàn)得到的dna拿來(lái)測(cè)序,再進(jìn)行下游分析。關(guān)鍵在于Chip實(shí)驗(yàn)。 Ch...
下載準(zhǔn)備 UltraISO下載,Ubuntu Server iso下載 啟動(dòng)盤(pán)制作 啟動(dòng)UltraISO,打開(kāi)Ubuntu iso文件,寫(xiě)入硬盤(pán)映像 其他選項(xiàng)默認(rèn),便捷啟動(dòng)里...
RNA-seq數(shù)據(jù)下載 數(shù)據(jù)來(lái)自文獻(xiàn):An RNA-Seq transcriptome and splicing database of neurons, glia, and...
前言 ENCODE項(xiàng)目團(tuán)隊(duì)發(fā)表在PNAS上的文章表示:通過(guò)數(shù)據(jù)分析基因的表達(dá)水平在同一個(gè)物種不同組織間的相似性比不同物種的相同組織還要高。這與之前的觀念完全相悖,不同物種里主...
前言 我們統(tǒng)一選擇p<0.05而且abs(logFC)大于1的基因?yàn)轱@著差異表達(dá)基因集,對(duì)這個(gè)基因集用R包做KEGG/GO超幾何分布檢驗(yàn)分析。然后把表達(dá)矩陣和分組信息分別作出...
前言 轉(zhuǎn)錄組入門(mén)(7): 差異基因分析這個(gè)步驟推薦在R里面做,載入表達(dá)矩陣,然后設(shè)置好分組信息,統(tǒng)一用DEseq2進(jìn)行差異分析,當(dāng)然也可以走走edgeR或者limma的voo...
前言 實(shí)現(xiàn)這個(gè)功能的軟件也很多,還是煩請(qǐng)大家先自己搜索幾個(gè)教程,入門(mén)請(qǐng)統(tǒng)一用htseq-count,對(duì)每個(gè)樣本都會(huì)輸出一個(gè)表達(dá)量文件。需要用腳本合并所有的樣本為表達(dá)矩陣。參考...
前言 比對(duì)軟件很多,首先大家去收集一下,因?yàn)槲覀兪菐Т蠹胰腴T(mén),請(qǐng)統(tǒng)一用hisat2,并且搞懂它的用法。直接去hisat2的主頁(yè)下載index文件即可,然后把fastq格式的r...
前言 來(lái)源還是生信技能樹(shù)。 需要用安裝好的sratoolkit把sra文件轉(zhuǎn)換為fastq格式的測(cè)序文件,并且用fastqc軟件測(cè)試測(cè)序文件的質(zhì)量!作業(yè),理解測(cè)序reads,...
前言 本課程來(lái)源于生信技能樹(shù)。 本系列課程學(xué)習(xí)的文章是:AKAP95 regulates splicing through scaffolding RNAs and RNA ...