生信新手一枚 文章大部分是學(xué)習(xí)生信技能樹(shù)的筆記 也會(huì)不斷記錄自己學(xué)習(xí)路上的收獲和問(wèn)題~~
發(fā)簡(jiǎn)信
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十二、三圖聯(lián)動(dòng)
1.準(zhǔn)備輸入數(shù)據(jù) 2.挑選感興趣的基因構(gòu)建coxph模型 用survival::coxph()函數(shù)構(gòu)建模型 3.模型可視化-森林圖 4.模型預(yù)測(cè) 3.自己預(yù)測(cè)自己 查看?pr...
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單因素與多因素cox分析區(qū)別
說(shuō)來(lái)慚愧，跟師姐聊天的時(shí)候，我按照傳統(tǒng)的生信思路把臨床特征做風(fēng)險(xiǎn)打分，然后定義高低風(fēng)險(xiǎn)打分，接著就是標(biāo)準(zhǔn)的生存圖、森林圖了。在做到森林圖的時(shí)候，忽然被問(wèn)到，單因素與多因素的區(qū)...
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生統(tǒng)筆記1- 差異表達(dá)分析中的log2FC和FDRlog2FC log2FC中的FC即 fold change，表示兩組樣品間表達(dá)量的比值，對(duì)其取以2為底的對(duì)數(shù)之后即為log2FC。一般默認(rèn)取log2FC絕對(duì)值大于1為差異基...
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努力努力再努力~<br>個(gè)人博客：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Flishensuo.github.io%2F" target="_blank">https://lishensuo.github.io/</a>
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跟著Nature Genetics學(xué)畫(huà)圖：R語(yǔ)言ggplot2畫(huà)圖展示SNP位點(diǎn)的堿基類(lèi)型論文是 Pan-genome analysis highlights the extent of genomic variation in cultivated and wi...
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Nat Commun&JAMA INTERN MED|淺析兩篇LASSO+Logistic/Cox 套路文章Nat Commun&JAMA INTERN MED|淺析兩篇LASSO+Logistic/Cox 套路文章 兩篇文章分別是來(lái)自NATURE COMMUNICATIONS的E...
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Read count、CPM、 RPKM、FPKM和TPM的區(qū)別1. 為什么我們要進(jìn)行Normalization 測(cè)序深度：某些低表達(dá)量的基因只有在較高的測(cè)序深度時(shí)才能檢測(cè)到。一般而言，隨著測(cè)序深度的增加，基因種類(lèi)以及可變剪接體的數(shù)目也會(huì)...
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22機(jī)器學(xué)習(xí)開(kāi)放基礎(chǔ)課程--主成分分析和聚類(lèi)主成分分析和聚類(lèi) 無(wú)監(jiān)督學(xué)習(xí)是機(jī)器學(xué)習(xí)中的一類(lèi)重要算法。與監(jiān)督學(xué)習(xí)算法相比，無(wú)監(jiān)督學(xué)習(xí)算法不需要對(duì)輸入數(shù)據(jù)進(jìn)行標(biāo)記，即不需要給出標(biāo)簽或類(lèi)別。此外，無(wú)監(jiān)督學(xué)習(xí)算法還可以在沒(méi)有輔...
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森林圖forest plot、nomogram的解讀森林圖forest plot、nomogram的解讀 參考1https://www.sohu.com/a/225438746_489312[https://www.sohu....
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ChIP實(shí)驗(yàn)操作以及Chip-seq數(shù)據(jù)分析ChIP（Chromatin immunoprecitation）是研究體內(nèi)DNA與蛋白質(zhì)相互作用的重要工具。 “染色質(zhì)”就是由“組蛋白和DNA”組成的物質(zhì)；“免疫”就是通過(guò)...
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繼續(xù)來(lái)看pheatmap那些有趣的事情劉小澤寫(xiě)于2020.5.18上次看了熱圖如何去掉聚類(lèi)樹(shù)的同時(shí)保留聚類(lèi)的順序 ，有朋友留言給出了其他的解決方法，非常感謝！文中會(huì)給出答案另外，這次還是帶著數(shù)據(jù)，去看看pheat...
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單基因TCGA的Cox森林圖怎么畫(huà)才好看首先調(diào)取Xena網(wǎng)頁(yè)的TCGA數(shù)據(jù)做Cox生存分析，數(shù)據(jù)可以通過(guò)hiplot官網(wǎng)自主研發(fā)的ucsc-xena-shiny直接在線(xiàn)獲取訪問(wèn)https://hiplot.com....
