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回歸分析中，如何回歸掉（regress out）一個變量對另一個變量的影響在大尺度微生物生物地理學(xué)分析中，經(jīng)常遇到環(huán)境因子和地理距離能一定的相關(guān)性，經(jīng)過VPA分析發(fā)現(xiàn)二者有重疊的解釋部分。那么，如何完全排除掉環(huán)境因子的...
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singlem,一款可以使用marker基因進(jìn)行宏基因組reads分類的軟件
最近偶然從一篇PNAs的文章，看到作者不僅進(jìn)行了16S rRNA測序，而且通過marker基因和宏基因組bins同時計(jì)算了群落結(jié)構(gòu)，對比三者發(fā)現(xiàn)...
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如何在linux下安裝R包
之前一直在linux下用perl和python居多，對R的使用還停留在windows的Rstudio以及各種linux QIIME2等虛擬環(huán)境里...
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使用table2itol生成itol美化文件首先下載安裝table2itol，可以在itol官網(wǎng)help的頁面中搜索table2itol跳轉(zhuǎn)至github下載。 github上有詳細(xì)的下載...
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如何在blast結(jié)果中添加詳細(xì)的物種信息
之前無論是做blastn或者是blastp都是僅僅在blast結(jié)果中顯示了種屬信息，沒有添加詳細(xì)的信息，添加種屬信息很簡單，只要結(jié)果里生成XML...
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避免和conda環(huán)境變量沖突---linux下環(huán)境變量的設(shè)置方法
最近用conda創(chuàng)建了一個新的環(huán)境，conda activate進(jìn)入新環(huán)境后，查看perl和python時還是發(fā)現(xiàn)： /usr/bin/perl...
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在linux vim編輯器中編寫python腳本
原來生信處理一直用perl，之前雖然也寫過python，但是linux下縮進(jìn)4個空格實(shí)在有點(diǎn)煩 最近又想重新拾取python，就編輯了一下vim...
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如何便捷的安裝perl模塊
雖然perl面向?qū)ο竽芰ζ?，且perl6一直為人詬病，但是仍然有許多生物信息方面的軟件還是需要用到perl的 這就帶來了一個問題，有時候就會報...
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如何構(gòu)建kraken2個性化數(shù)據(jù)庫
kraken2就不介紹了，是一款挺好用的快速比對宏基因組軟件。 現(xiàn)在有了nt數(shù)據(jù)庫下面animal的序列，那么如何構(gòu)建kraken2的數(shù)據(jù)庫呢？...