在大尺度微生物生物地理學分析中，經(jīng)常遇到環(huán)境因子和地理距離能一定的相關(guān)性，經(jīng)過VPA分析發(fā)現(xiàn)二者有重疊的解釋部分。那么，如何完全排除掉環(huán)境因子的影響，單獨研究地理距離對群落結(jié)...
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回歸分析中，如何回歸掉（regress out）一個變量對另一個變量的影響 -
如何在linux下安裝R包
之前一直在linux下用perl和python居多，對R的使用還停留在windows的Rstudio以及各種linux QIIME2等虛擬環(huán)境里的R。恰巧上兩個星期遇到了li...
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避免和conda環(huán)境變量沖突---linux下環(huán)境變量的設(shè)置方法
最近用conda創(chuàng)建了一個新的環(huán)境，conda activate進入新環(huán)境后，查看perl和python時還是發(fā)現(xiàn)： /usr/bin/perl/usr/bin/python...
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如何便捷的安裝perl模塊
雖然perl面向?qū)ο竽芰ζ?，且perl6一直為人詬病，但是仍然有許多生物信息方面的軟件還是需要用到perl的 這就帶來了一個問題，有時候就會報錯，“缺少XX模塊” 也不得不...
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如何從NT/NR數(shù)據(jù)庫中提取子庫最近做有關(guān)小鼠腸道微生物宏基因組，遇到兩個問題，一是數(shù)據(jù)量太大，二是宿主污染嚴重。 估計宿主污染至少80%左右，因而就想通過一些方法，例如kraken、bowtie等把宿主污...
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如何構(gòu)建kraken2個性化數(shù)據(jù)庫
kraken2就不介紹了，是一款挺好用的快速比對宏基因組軟件。 現(xiàn)在有了nt數(shù)據(jù)庫下面animal的序列，那么如何構(gòu)建kraken2的數(shù)據(jù)庫呢？ 首先推薦把kraken2安裝...