關(guān)于WGCNA的分析，共有3期教程，今天是的第三期。前面兩期是使用代碼進(jìn)行分析的，也是我們的平時(shí)最常用的分析方法，對(duì)我個(gè)人來(lái)說(shuō)也是最簡(jiǎn)潔的方法。（PS：對(duì)于使用代碼分析，個(gè)人...
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WGCNA分析 | 全流程代碼分享 | 代碼三 -
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公眾號(hào)：TOP生物信息<br>B站：TOP菌<br>WeChat：TOPJUN996<br><br>top2讀研，學(xué)習(xí)方向：癌癥基因組、腫瘤免疫、單細(xì)胞組學(xué)
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Cibersort.R腳本運(yùn)行1、Cibersort.R2、LM22.txt3、genes_exp.txt 1、Cibersort.R 此文件為源代碼，在使用之前請(qǐng)閱讀一下代碼中的注釋段，安裝一下前置包在...
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蛋白質(zhì)亞細(xì)胞定位分析
亞細(xì)胞定位是指某種蛋白或某個(gè)基因表達(dá)產(chǎn)物在細(xì)胞內(nèi)的具體存在部位，包括細(xì)胞核、細(xì)胞質(zhì)和細(xì)胞膜等部位。傳統(tǒng)的實(shí)驗(yàn)方法有，利用一些熒光蛋白如GFP、YFP，通過(guò)其在激光照射下發(fā)出的...
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2021-08-05 Omics Playground在線轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)分析工具網(wǎng)站鏈接[https://public.bigomics.ch/app/omicsplayground_contrib] Omics Playground是一個(gè)免費(fèi)的生信分析...
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七、數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化和差異表達(dá)分析1.數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化 (1)標(biāo)準(zhǔn)化 (2)樣本總體分布 (3)樣本之間的相關(guān)性 2.差異表達(dá)分析 (1)limma包分析 (2)edgeR分析 (3)DESeq2分析 3.差異結(jié)果可視化
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GDSC數(shù)據(jù)庫(kù)使用（分析基因表達(dá)量與藥物敏感性影響）
數(shù)據(jù)下載：不要下載raw data細(xì)胞系注釋文件： Cell-line-annotation[ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/project/cance...
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NetworkAnalyst3.0：差異基因篩選，功能富集分析、基因網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建等功能于一體的在線基因表達(dá)分析工具
hello大家好，小月亮又和大家見(jiàn)面了。上篇軟文小月亮給大家介紹了NetworkAnalyst3.0工具的概覽。這次小月亮就給大家詳細(xì)介紹NetworkAnalyst3.0工...
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轉(zhuǎn)錄組分析——利用GEO數(shù)據(jù)挖掘構(gòu)建基因表達(dá)圖譜一、前言 前段時(shí)間主管讓我在GEO數(shù)據(jù)庫(kù)弄個(gè)表達(dá)圖譜，準(zhǔn)備接下來(lái)做各種轉(zhuǎn)錄組分析，現(xiàn)在回過(guò)頭來(lái)，覺(jué)得這個(gè)東西比較簡(jiǎn)單，十分適合上手練習(xí)。思考了一下，決定寫(xiě)下來(lái)分享給大家。注意...
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你好，請(qǐng)問(wèn)一下seurat包讀取文件總是出錯(cuò)可以解答一下嘛
【單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組 實(shí)戰(zhàn)】九、復(fù)現(xiàn)文章數(shù)據(jù)——Seurat Package
這里是佳奧！單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的學(xué)習(xí)并不輕松，進(jìn)度過(guò)半讓我們繼續(xù)吧。 1 再次了解文章數(shù)據(jù) 2 使用Seurat Package（新版參考文檔修改） 新版代碼參考： 同樣的發(fā)現(xiàn)，普...
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科研新熱點(diǎn)——血管生成相關(guān)基因前面小編給大家分享了幾個(gè)科研中經(jīng)常用到的基因集，以及如何使用這些基因集進(jìn)行相關(guān)分析。 ? m6A甲基化相關(guān)基因集[https://link.zhihu.com/?target...
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【單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組 實(shí)戰(zhàn)】八、scater 、Seurat、monocle Package介紹
這里是佳奧！我們繼續(xù)學(xué)習(xí)最重要的三個(gè)R包。 1 scater Package(calculateQCMetrics已停用，用addPerCellQC替代) 加載R包 創(chuàng)建測(cè)試...
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努力努力再努力~<br>個(gè)人博客：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Flishensuo.github.io%2F" target="_blank">https://lishensuo.github.io/</a>
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你好，請(qǐng)問(wèn)一下載入文件出現(xiàn)這個(gè)錯(cuò)誤怎么回事??？> bm1 <- Read10X("./BM1/")
Error in validityMethod(as(object, superClass)) :
object 'Matrix_validate' not found單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組||matrix.mtx說(shuō)明（cellranger與kallistobustools的不同之處）
1. matrix.mtx ??做過(guò)10xGenomics單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的人都知道cellranger的標(biāo)準(zhǔn)輸出是三個(gè)文件（barcodes.tsv genes.tsv m...
