@曦曦1996 emmm抱歉太久沒看過簡書,這個(gè)問題我也不記得了,大概是沒有解決,反正公司直接提供了原始的OTU表,我就直接用了
Qiime1-1.介紹倒騰學(xué)習(xí)了一段時(shí)間的qiime1和qiime2,決定苦心整理一下學(xué)習(xí)成果。雖然不知道啥時(shí)候才能更完。主要參考下述網(wǎng)站的分析流程:https://twbattaglia.git...
@趙會(huì)成 萬分感謝,已畢業(yè),早已解決
Beta多樣性常用距離的區(qū)別Bray-Curtis與Unifrac距離的區(qū)別:Unifrac考慮物種信息,計(jì)算依賴進(jìn)化樹文件 Weighted 和Unweighted Unifrac距離的區(qū)別:是否考慮...
【參考資料】 https://blog.csdn.net/qq_28618765/article/details/78081959shape函數(shù)是numpy.core.fro...
一. 生成式(generative)學(xué)習(xí)算法 如果算法直接學(xué)習(xí),或者嘗試學(xué)習(xí)從輸入空間到類別的映射關(guān)系的算法,稱為判別式(discriminative)學(xué)習(xí)算法;比線性回歸(...
【博客的主要內(nèi)容主要是自己的學(xué)習(xí)筆記,并結(jié)合個(gè)人的理解,供各位在學(xué)習(xí)過程中參考,若有疑問,歡迎提出;若有侵權(quán),請(qǐng)告知博主刪除,原創(chuàng)文章轉(zhuǎn)載還請(qǐng)注明出處。】[TOC] 1.什么...
不同的指標(biāo)或變量的原始值在單位、量綱、取值范圍等方面會(huì)有較大差異,因此,在處理較多變量的數(shù)據(jù)時(shí),需要先對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化,使不同變量具有可比性。 常用的標(biāo)準(zhǔn)化方法有: (1...
轉(zhuǎn)發(fā)自http://crickcollege.com/news/237.html 前言在以往的推文中,小編給大家整理了兩篇有關(guān)假設(shè)檢驗(yàn)的推文,其說明的主要問題是:1. 什么是...
大佬,我在學(xué)習(xí)ecology-network,教程里用的psych::corr.test(),主要是有adjust的設(shè)置,但是我數(shù)據(jù)可能是十幾萬個(gè),有點(diǎn)大,它跑死了。用Hmisc::rcorr()能跑出來,有沒有能算r又能校正的函數(shù)啊……雖然我也不是很懂有沒有必要adjust……
R使用筆記:相關(guān)系數(shù):cor.test();corr.test();rcorr()本次筆記內(nèi)容:cor.test()和cor()rcorr() {Hmisc}corr.test() {psych}spearmanCI() {spearmanCI} spea...
遞歸(recursion):遞歸常被用來描述以自相似方法重復(fù)事物的過程,在數(shù)學(xué)和計(jì)算機(jī)科學(xué)中,指的是在函數(shù)定義中使用函數(shù)自身的方法。(A調(diào)用A) 迭代(iteration):...
一、什么是Jupyter Notebook? 1. 簡介 Jupyter Notebook是基于網(wǎng)頁的用于交互計(jì)算的應(yīng)用程序。其可被應(yīng)用于全過程計(jì)算:開發(fā)、文檔編寫、運(yùn)行代碼...
自學(xué)pandas數(shù)據(jù)分析時(shí),被安利annaconda ,因?yàn)樗梢越鉀Q一些依賴關(guān)系,會(huì)省去不少的麻煩,但是安裝之后,發(fā)現(xiàn)導(dǎo)包一直不成功。理論上pandas是annaconda...
參考資料: https://www.yunbios.net/phyloseq.html https://joey711.github.io/phyloseq/import-d...
本文用于理解ROC曲線的定義,繪制過程及其應(yīng)用實(shí)現(xiàn),主要用于自我溫習(xí)回顧基礎(chǔ) 基本目錄如下: 什么是ROC曲線?1.1 ROC曲線的歷史1.2 ROC曲線的定義1.3 ROC...
最后沒轍了,各種修改各種報(bào)錯(cuò),我估計(jì)是OTU表格問題,手動(dòng)提取了OTU-Simple這倆數(shù)據(jù)組成純數(shù)值矩陣就正常工作了。
擴(kuò)增子測(cè)序中OTU表進(jìn)行抽平的兩種方式A random rarefaction of sample reads according to a specific reads length (usually the ...
大佬,我照著跑colSum的時(shí)候報(bào)錯(cuò)Error in colSums(bac.otu) : 'x' must be numeric,這個(gè)怎么弄啊,我是小白。瞎弄了as.data.frame之類的沒反應(yīng)……
擴(kuò)增子測(cè)序中OTU表進(jìn)行抽平的兩種方式A random rarefaction of sample reads according to a specific reads length (usually the ...