發(fā)簡信
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T細(xì)胞培養(yǎng)基選擇博士課題換到了腫瘤免疫相關(guān)方向，涉及到T細(xì)胞培養(yǎng)的問題，簡單查了下發(fā)現(xiàn)用的培養(yǎng)基五花八門，用實(shí)驗(yàn)室級(jí)別的也有工業(yè)GMP生產(chǎn)用的培養(yǎng)基，一時(shí)不知如...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組之使用CellChat 對(duì)多個(gè)數(shù)據(jù)集細(xì)胞通訊進(jìn)行比較分析1. 數(shù)據(jù)的準(zhǔn)備 2.預(yù)測細(xì)胞通信 在比較多種生物條件下的細(xì)胞-細(xì)胞通信時(shí)，可以得知細(xì)胞通信是否增強(qiáng)；細(xì)胞類型顯著變化之間的相互作用；不同條件下...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組之使用CellChat對(duì)單個(gè)數(shù)據(jù)集進(jìn)行細(xì)胞間通訊分析1.CellChat對(duì)象的創(chuàng)建、處理及初始化[#1cellchat%E5%AF%B9%E8%B1%A1%E7%9A%84%E5%88%9B%E5...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組之轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析課程筆記施工中。。。。。 1.SCENIC簡介 目前單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組領(lǐng)域用的比較多的細(xì)胞聚類方法大多是直接從基因表達(dá)矩陣推斷，但是對(duì)于多樣本合并分析...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組之?dāng)M時(shí)序分析1.數(shù)據(jù)的準(zhǔn)備 1.1選擇想要進(jìn)行時(shí)間軌跡分析的seurat亞群,，并將亞群提取出來 1.2 創(chuàng)建CellDataSet對(duì)象及monocle標(biāo)準(zhǔn)...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組之monocle標(biāo)準(zhǔn)流程及不同包間對(duì)象轉(zhuǎn)換1.利用已有的Seurat對(duì)象轉(zhuǎn)換為CellDataSet對(duì)象 加載之前seutat標(biāo)準(zhǔn)流程跑完的數(shù)據(jù)，如果沒有可以走一遍流程，教程點(diǎn)我[htt...
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基因集富集分析(GSEA)及其可視化1 什么是GSEA 基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)是是一種計(jì)算方法，用于確定事先定義的一...
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seurat單細(xì)胞數(shù)據(jù)處理小技巧1 亞群合并 當(dāng)有幾類亞群同屬于某類細(xì)胞時(shí)，比如CD4+ T細(xì)胞和CD8+ T細(xì)胞均屬于T細(xì)胞，想要將他們合并在一起時(shí)，可以使用此代碼。 推薦使...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組之Seurat包全流程-數(shù)據(jù)過濾、降維分群及可視化1.Seurat包的安裝及數(shù)據(jù)的準(zhǔn)備 1.1 加載需要的包和數(shù)據(jù) 1.2 創(chuàng)建Seurat對(duì)象 對(duì)于之前從CellRanger得到的比對(duì)結(jié)果，讀...