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immunedeconv踩坑記錄
immunedeconv包號(hào)稱可以利用多種算法進(jìn)行免疫細(xì)胞比例計(jì)算，包括quantiseq、timer、cibersort、cibersort_...
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免疫細(xì)胞估算R包immunedeconv安裝immunedeconv這個(gè)R包是一個(gè)免疫細(xì)胞比例估算集大成者，把常見的免疫細(xì)胞估算的算法都包括進(jìn)去了，包括quantiseq、timer、ci...
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29個(gè)免疫特征的基因集（16種免疫細(xì)胞和13種免疫功能評(píng)分）基因列表TCGA風(fēng)險(xiǎn)模型類生信文章中，經(jīng)常會(huì)對(duì)高低風(fēng)險(xiǎn)組進(jìn)行16種免疫細(xì)胞和13種免疫功能評(píng)分的比較，就會(huì)用到一個(gè)29個(gè)免疫特征的基因集（16種免疫細(xì)胞...
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批量檢查和安裝R包最近寫了個(gè)內(nèi)部用R包，里面有不少依賴包，一部分是CRAN的，一部分是Bioconductor上面的R包，于是把這些包分類后，按照生信技能樹培訓(xùn)班...
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花生殼https無法映射Rstudio-server的解決方案之前把服務(wù)器放在家里，通過花生殼軟件進(jìn)行內(nèi)網(wǎng)穿透，采用http協(xié)議進(jìn)行映射。后來由于一些原因，http協(xié)議不能使用了，只能使用https。這個(gè)時(shí)...
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修改ssh中l(wèi)inux命令行配色ssh進(jìn)行l(wèi)inux遠(yuǎn)程登錄時(shí)，用戶名、服務(wù)器名字都是一片白，也不顯示時(shí)間，如下圖： 生信技能樹賣萌哥老師提供了兩句代碼： 直接在ssh（以xs...
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結(jié)合TCGAbiolinks批量下載TCGA臨床信息
TCGAbiolinks包常用來TCGA的下載和各種常用分析，本人在使用TCGAbiolinks下載和整理TCGA臨床信息時(shí)碰到一些麻煩，具體如...
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TCGA泛癌TMB計(jì)算在前面系列教程中分享了如何下載TCGA表達(dá)矩陣（2022新版TCGA數(shù)據(jù)下載與整理[http://www.itdecent.cn/p/9890...
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ESTIMATE R包計(jì)算TCGA免疫評(píng)分文章參考生信技能樹曾老師的帖子：使用ESTIMATE計(jì)算腫瘤的免疫得分[https://zhuanlan.zhihu.com/p/1367477...