IP屬地：山東
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比較基因組學-Orthofinder3
1.介紹 OrthoFinder用于鑒定直系同源基因群(orthogroups)、推斷基因樹和物種樹，在此基礎上推斷基因復制事件并生成大量的統(tǒng)計...
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基因組組裝評估-CRAQ
1.介紹 CRAQ(Clipping Reveals Assembly Quality)是一款無需參考基因組的組裝質(zhì)量評估工具。它通過分析序列比...
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基因組注釋-重復序列注釋1.介紹 Hite是一款基于python開發(fā)的專注于基因組中高精度檢測和注釋全長轉座元件(full-length TEs)的生物信息學軟件。相比...
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祖先染色體重構軟件-odp
1.介紹 Odp是一種基于蛋白的共線性分析軟件，用于比較兩個或多個物種之間染色體的進化。主要功能包括：(1)繪制兩個基因組之間的共線性(點圖或者...
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不完全譜系分選和基因滲入-PhyloNetworks
1.簡介 Julia是一個編程語言，PhyloNetworks、PhyloPlots、SNaQ、PhyloTraits都是Julia的一個包，用...
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不完全譜系分選和基因滲入-Hyde1.簡介 HyDe使用系統(tǒng)發(fā)育不變量檢測系統(tǒng)發(fā)育數(shù)據(jù)集中的雜交，主要通過python包Phyde對三元組分類群進行假設檢驗，以檢測雜交。 2.安...
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不完全譜系分選和基因滲入-Phylonet
1.簡介 PhyloNet 是一款專注于分析和重建網(wǎng)狀進化關系(非樹狀結構)的生物信息學工具，主要用于研究物種演化過程中因雜交、水平基因轉移(H...
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不完全譜系分選和基因滲入-Quibl
1.簡介 QuIBL(Quantifying Introgression via Branch Lengths)通過基因樹內(nèi)部枝長分布統(tǒng)計分析來...
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多基因組共線性分析-ntsynt
1.簡介 ntsynt是一個用于多個全基因組比對并識別共線塊的工具，它的核心思路是通過利用minimizers和graph-based方法來識別...