1.復制5.4里面的python腳本,命名為Snakefile。如果是自己構(gòu)建的祖先連鎖群的庫,配置Snakefile需要的python包和hmmer環(huán)境,運行snakemake -j 30即可;
2.識別:如果是自己構(gòu)建庫,運行1步驟后,再運行一遍odp_rbh_to_ribbon,程序會根據(jù)/path/odp/LG_db/構(gòu)建的庫自行匹配和上色。
3.條帶圖和點陣圖是兩個獨立的東西,step2-figures/synteny_coloredby_BCnS_LGs/這個點陣圖已經(jīng)根據(jù)BCnS的祖先染色體庫對你的研究物種上色了,條帶圖不需要點陣圖的這個結(jié)果。
祖先染色體重構(gòu)軟件-odp1.介紹 Odp是一種基于蛋白的共線性分析軟件,用于比較兩個或多個物種之間染色體的進化。主要功能包括:(1)繪制兩個基因組之間的共線性(點圖或者條帶圖均可)(2)利用染色體共...