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  • 1.復制5.4里面的python腳本,命名為Snakefile。如果是自己構(gòu)建的祖先連鎖群的庫,配置Snakefile需要的python包和hmmer環(huán)境,運行snakemake -j 30即可;
    2.識別:如果是自己構(gòu)建庫,運行1步驟后,再運行一遍odp_rbh_to_ribbon,程序會根據(jù)/path/odp/LG_db/構(gòu)建的庫自行匹配和上色。
    3.條帶圖和點陣圖是兩個獨立的東西,step2-figures/synteny_coloredby_BCnS_LGs/這個點陣圖已經(jīng)根據(jù)BCnS的祖先染色體庫對你的研究物種上色了,條帶圖不需要點陣圖的這個結(jié)果。

    祖先染色體重構(gòu)軟件-odp

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  • 比較基因組學-Orthofinder3

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  • 基因組組裝評估-CRAQ

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    基因組注釋-重復序列注釋

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  • 不完全譜系分選和基因滲入-PhyloNetworks

    1.簡介 Julia是一個編程語言,PhyloNetworks、PhyloPlots、SNaQ、PhyloTraits都是Julia的一個包,用于實現(xiàn)不同的功能。PhyloN...

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    不完全譜系分選和基因滲入-Hyde

    1.簡介 HyDe使用系統(tǒng)發(fā)育不變量檢測系統(tǒng)發(fā)育數(shù)據(jù)集中的雜交,主要通過python包Phyde對三元組分類群進行假設檢驗,以檢測雜交。 2.安裝 2.1 配置環(huán)境 3.輸入...

  • 不完全譜系分選和基因滲入-Phylonet

    1.簡介 PhyloNet 是一款專注于分析和重建網(wǎng)狀進化關(guān)系(非樹狀結(jié)構(gòu))的生物信息學工具,主要用于研究物種演化過程中因雜交、水平基因轉(zhuǎn)移(HGT)或不完全譜系分選(ILS...

  • 不完全譜系分選和基因滲入-Quibl

    1.簡介 QuIBL(Quantifying Introgression via Branch Lengths)通過基因樹內(nèi)部枝長分布統(tǒng)計分析來解析系統(tǒng)發(fā)育樹中的基因漸滲事件...

  • 多基因組共線性分析-ntsynt

    1.簡介 ntsynt是一個用于多個全基因組比對并識別共線塊的工具,它的核心思路是通過利用minimizers和graph-based方法來識別基因組間的共線塊,核心步驟如下...

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    基因組組裝評估-Merqury

    1.介紹 Merqury是一款基于k-mer數(shù)據(jù)集評估無參考基因組的方法。對于trios,Merqury還可以評估特定單倍型的準確性、完整性、相位塊連續(xù)性以及相位切換錯位(s...

  • 祖先染色體重構(gòu)軟件-Anges

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    祖先染色體重構(gòu)軟件-Agora

    1.介紹 AGORA是“Algorithm for Gene Order Reconstruction in Ancestors”的簡稱,該軟件能夠以物種樹、每個物種的基因集...

個人介紹
靈動如風,難以捉摸
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