軌跡分析系列： 單細(xì)胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.itdecent.cn/p/ee0f7a8e6a06] 擬時(shí)間序列分析（Pseudot...
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單細(xì)胞之軌跡分析-2：monocle2 原理解讀+實(shí)操 -
單細(xì)胞數(shù)據(jù)處理小細(xì)節(jié)匯總1. Seurat對(duì)象查看當(dāng)前的Assay 在進(jìn)行了SCTransform操作后，矩陣默認(rèn)會(huì)變成SCT矩陣，如果不加設(shè)置，后續(xù)的PCA等操作都是基于SCT矩陣。修改Defau...
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文獻(xiàn)學(xué)習(xí)：Single hormone or synthetic agonist induces Gs/Gi coupling selectivity of EP receptors via d...這篇文章解析了分辨率更高的EP4激活結(jié)構(gòu)，并且對(duì)比了EP4偶聯(lián)Gs/Gi的結(jié)構(gòu)上的差異。在闡述G蛋白選擇性的機(jī)制上做的非常細(xì)致，個(gè)人認(rèn)為學(xué)習(xí)本文獻(xiàn)后對(duì)于提升結(jié)構(gòu)生物學(xué)‘講故事...
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ggpubr包系列學(xué)習(xí)教程(六)使用ggscatter函數(shù)繪制散點(diǎn)圖 加載所需R包 基本用法： Usage 常用參數(shù)： Arguments 使用示例： Examples 參考來源： https://www....
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常見的OrgDB包，方便對(duì)應(yīng)物種注釋
列舉了19個(gè)OrgDB，物種對(duì)應(yīng)的全基因組注釋R包，方便根據(jù)EntreZ進(jìn)行基因的注釋分析等等 | 物種 | OrgDB || 按蚊（Anopheles） | org.Ag....
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文庫：堿基不平衡
Q: 什么是堿基不平衡? ?? 答：對(duì)于一個(gè)基因來說，它所包含的堿基種類越多，則堿基復(fù)雜度越高；如果各種堿基的百分含量越接近一致（即A、T、C、G分別占~25%），則堿基組成...
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詳解內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激/未折疊蛋白反應(yīng)三條信號(hào)通路內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激： 在細(xì)胞當(dāng)中，內(nèi)質(zhì)網(wǎng)（ER）負(fù)責(zé)將多肽鏈正確折疊和加工成有功能的蛋白質(zhì)。一些外源性或內(nèi)源性因素導(dǎo)致ER內(nèi)錯(cuò)誤折疊或未折疊蛋白質(zhì)累積，ER的這種應(yīng)激狀態(tài)稱為內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)...
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單/多個(gè)基因在組間同時(shí)展示的多種選擇：分組小提琴圖、分組/分面柱狀圖、單基因蜂群點(diǎn)圖拼圖繪制這是ggplot2可視化專題的第二個(gè)實(shí)例操作 【ggplot2的基本思路見前文總論】：基于ggplot2的RNA-seq轉(zhuǎn)錄組可視化：總述和分文目錄 【ggplot2繪圖具體...
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四步完成單細(xì)胞數(shù)據(jù)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)流程分析-SCENIC/pySCENIC-2022-09-06適用背景 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析是單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析內(nèi)容的高級(jí)分析之一，本文將介紹SCENIC/pySCENIC的流程，具體原理和內(nèi)容不展開，主要展示代碼復(fù)現(xiàn)流程。R的SCE...
