發(fā)簡(jiǎn)信
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教你用科學(xué)雜志喜歡的配色作圖——R包ggsci
ggsci是ggplot的主題包，它提供一系列高質(zhì)量的調(diào)色板，其靈感來(lái)自于科學(xué)期刊、數(shù)據(jù)可視化庫(kù)、科幻電影和電視節(jié)目中使用的顏色。ggsci中的...
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轉(zhuǎn)錄組差異表達(dá)分析—ballgown
ballgown是一個(gè)差異表達(dá)分析RNA-Seq數(shù)據(jù)的R包 對(duì)數(shù)據(jù)的要求： 1. RNA-Seqreads應(yīng)已比對(duì)到參考基因組上。 2.轉(zhuǎn)錄組應(yīng)...
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NGSQC Toolkit(轉(zhuǎn)錄組分析之data cleaning）
NGSQC Toolkit用于進(jìn)行高通量測(cè)序數(shù)據(jù)的質(zhì)量檢查和數(shù)據(jù)過(guò)濾，具有去接頭，去除非ATGC堿基，去除低質(zhì)量堿基和reads等功能 1安裝 ...
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Multiqc（轉(zhuǎn)錄組分析之質(zhì)量評(píng)估）
fastqc是一款基于java的軟件，能夠?qū)y(cè)序數(shù)據(jù)的質(zhì)量進(jìn)行評(píng)估。一個(gè)樣本生成一個(gè)報(bào)告，當(dāng)樣本量過(guò)多時(shí)，逐一查看樣本質(zhì)量就稍顯不方便，mult...
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用vmd將gromacs軌跡轉(zhuǎn)換為動(dòng)畫(huà)
1 壓縮gromacs的trr軌跡文件 #因?yàn)閠rr格式的軌跡文件包含軌跡 坐標(biāo)x, 速度v和力f的信息(二進(jìn)制, 全精度, 可移植)，因此占用...
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kraken軟件操作手冊(cè)
轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)質(zhì)量分析完，想拿kraken軟件分析下數(shù)據(jù)有沒(méi)有微生物的序列污染 找了全網(wǎng)沒(méi)看見(jiàn)什么相關(guān)的指導(dǎo)文章，看官網(wǎng)的操作手冊(cè)也很雞助，所以自己...
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轉(zhuǎn)錄組分析文章筆記Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, ...