工作中需要使用多臺服務(wù)器，每次都要修改bashrc文件，來配置服務(wù)器使其使用起來順手，配置文件如下
發(fā)簡信
IP屬地：四川
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單細(xì)胞分析---測序文庫拆分 (Demultiplexing)對于所有數(shù)據(jù)類型，”文庫拆分”涉及從一端或雙端短序列中識別和移除細(xì)胞條形碼序列 (cell barcode)和UMI。如果提前知道加入的細(xì)胞條形碼，比如數(shù)據(jù)來自基于PCR板的...
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samtools view -f 4
從bam文件中提取未比對上的reads——so easy!
前段時(shí)間送去測序的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)拿回來了，然后做完比對之后發(fā)現(xiàn)unique_reads比對率不夠理想，確保分析數(shù)據(jù)過程中沒有出錯(cuò)的前提下，個(gè)人認(rèn)為實(shí)驗(yàn)過程中可能有污染。所以需...
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這個(gè)是GEO數(shù)據(jù)庫內(nèi)對每個(gè)樣本的描述
Bioconductor分析芯片數(shù)據(jù)并提取差異表達(dá)基因
分析基因芯片的數(shù)據(jù)，提取出差異表達(dá)的基因這次試驗(yàn)的數(shù)據(jù)來源于文獻(xiàn)：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE...
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BSgenome 構(gòu)建自己的參考基因組1. 目的 ??最近在某個(gè)分析的時(shí)候，需要BSgenome object，然而我的物種不是常見的物種，是自己組裝出來的多倍體物種，因此沒法用已有的BSgenome參考基因組，...
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一鍵完成單因素方差分析及可視化的R腳本腳本有五個(gè)參數(shù) -f:輸出的數(shù)據(jù)，第一列是樣本名，第二列是自變量也就是分組信息，第三列至以后就是因變量，就是分組效應(yīng) -d:因變量的列名 -i:自變量的列名 -t:選擇可視化...
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堆疊柱狀圖各成分連線畫圖的R腳本18年1月29日宏基因組轉(zhuǎn)載了中科院生態(tài)中心鄧曄組的文章《土壤細(xì)菌定量方法結(jié)合相對豐度分析揭示種群的真實(shí)變化》[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz...
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閑聊生物學(xué)重復(fù)
從涉足生命科學(xué)實(shí)驗(yàn)?zāi)且豢蹋蜁牭竭@樣一句話“生物學(xué)實(shí)驗(yàn)至少要三個(gè)生物學(xué)重復(fù)，要嚴(yán)格設(shè)立對照實(shí)驗(yàn)”。隨著時(shí)間的流逝，記憶變得模糊，依稀記得“三個(gè)生物學(xué)重復(fù)”、“對照”。所以在...
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數(shù)據(jù)在前面的文章應(yīng)該有
第二次RNA-seq實(shí)戰(zhàn)總結(jié)(3)-用DESeq2進(jìn)行基因表達(dá)差異分析
DESeq2是一個(gè)用于分析基因表達(dá)差異的R包，具體操作要在R語言中運(yùn)行1.R語言安裝DESeq2 2.載入基因表達(dá)量文件，添加列名 3.數(shù)據(jù)整合 4.對基因進(jìn)行注釋-獲取ge...
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TBtools基因家族分析詳細(xì)教程（1）寫在前面：非常感謝CJ開發(fā)出如此強(qiáng)大的TBtools工具，作者詳細(xì)講解了基因家族的分析過程和意義，課程購買地址，講的很棒，可以試聽。 一共分為4個(gè)部分TBtools基因家族分...
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將多個(gè)樣本的vcf文件轉(zhuǎn)化為Phylip輸入格式的python腳本在分析變異過濾得到SNP時(shí)，一般都會用PHYLIP構(gòu)建NJ進(jìn)化樹 但是phylip又不能直接把vcf文件作為輸入文件，它的輸入格式要求如下 第一行的兩個(gè)數(shù)字分別為樣本數(shù)和SN...
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外顯子測序解析卵巢早衰的遺傳因素
卵巢早衰（Premature ovarian failure POF）通常是指女性40歲之前閉經(jīng)（原發(fā)性或繼發(fā)性），約1%-4%的女性患有此病，癥狀表現(xiàn)為低雌激素癥狀（即潮熱...
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改善mosdepth輸出結(jié)果的python腳本
mosdepth是一個(gè)用于計(jì)算測序深度的軟件使用方法可參考下面這篇文章http://www.itdecent.cn/p/6bd56cd8d59e[https://www.j...
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分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)雜談01
說明書背后的基本原理 對于初步接觸分子生物實(shí)驗(yàn)的同學(xué)，給出幾點(diǎn)建議： 首先是跟著實(shí)驗(yàn)室的師兄師姐學(xué)習(xí)經(jīng)驗(yàn)，經(jīng)驗(yàn)往往是數(shù)次實(shí)驗(yàn)成功或失敗的經(jīng)驗(yàn)總結(jié)。 認(rèn)真研讀產(chǎn)品說明書，這是一...
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全外顯子測序(wes)數(shù)據(jù)分析詳細(xì)流程(小樣本)
如果想看大樣本的數(shù)據(jù)處理分析流程請移步總目錄:三陰性乳腺癌全外顯子分析(wes)(大樣本727個(gè)) 分析流程目錄如下： 1 wes相關(guān)軟件下載與安裝并添加環(huán)境變量2 下載GA...
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將Marker與多個(gè)物種blast結(jié)果輸出位CSV文件的python腳本
我們很多Markers通過本地blast比對到多個(gè)物種的基因組上，來確定marker在不同物種基因組上的位置，為了方便查看結(jié)果，因此我寫了一個(gè)腳本，只需要輸入Markers文...
