使用軟件：Geneious目的：對組裝好的葉綠體基因組進行注釋，注釋好后進行查看，無誤后繪制圈圖 【注釋部分】 1.首先從NCBI上下載一段與要注釋的物種（目標(biāo)序列）同源的物...
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利用Geneious對葉綠體基因組進行注釋及查看 -
利用OGDRAW繪制葉綠體圈圖＋Geneious長度的統(tǒng)計組裝并注釋完葉綠體基因組后，就要進行圈圖的繪制。這里使用在線網(wǎng)站OGDRAW來繪制圈圖。 主要參考教程：葉綠體基因組注釋、圈圖繪制~ CPGAVAS2，OGDRAW（圖文教程...
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GENE模塊---從基因組中提取啟動子，UTR序列，引物設(shè)計及限定引物所產(chǎn)生的區(qū)域從基因組中提取啟動子序列，UTR序列往往是費時費力的過程。SPDE的gene模塊是專門為那些從事純粹實驗工作的老師與學(xué)生設(shè)計。其具體過程如下： 點擊SPDE的gene模塊（如...
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矯正基因結(jié)構(gòu)注釋 - 做有良心的基因家族分析寫在前面 半個月前，我推了一個《任何人都能掌握-基因家族分析》的騰訊課程（原本事實是開給課題組）。在熱身課程（完全免費）中，將我個人對基因家族分析的認知和其意義均做了說明，感...
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MECAT2: 三代高效組裝工具
MECAT2是三代測序數(shù)據(jù)PacBio的高效組裝工具，是之前MECAT的改進版, 修復(fù)了之前的很多bug, 使用基于string graph的fsa替換了之前的mecat2c...
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轉(zhuǎn)錄組分析1——原始數(shù)據(jù)以及過濾Counts值 對給定的基因組參考區(qū)域，計算比對上的read數(shù)，又稱為raw count（RC）。計數(shù)結(jié)果的差異的影響因素：落在參考區(qū)域上下限的read是否需要被統(tǒng)計，按照什...
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轉(zhuǎn)錄組分析2——比對基因組莎莎寫于2020.5.1學(xué)校第一批返校的同學(xué)已經(jīng)解封了，我還在賓館隔離我今天在這里立個Flag：每天都要寫簡書?哈哈哈，可能不太現(xiàn)實，但是至少今天是新的一個月的開始要好好學(xué)習(xí)...
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熱圖 | TBtools Heatmap 從入門到精通
寫在前面 2021年，新年第一天，我在忙著家里事情的間隙，分成五次（每次大概30min），錄制了 TBtools 的熱圖（Heatmap）功能的介紹與參數(shù)詳解。 TBtool...
