適用背景 之前寫了一篇文章介紹四步完成單細(xì)胞數(shù)據(jù)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)流程分析[http://www.itdecent.cn/p/71ed43163ce1]，但生成的結(jié)果沒有進(jìn)行可視化，...
發(fā)簡信
IP屬地：澳門
-
SCENIC/pySCENIC結(jié)果可視化 2022-11-08 -
Seurat數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)（一）在做單細(xì)胞分析的過程中，我們通常要基于Seurat數(shù)據(jù)之上做多樣化的分析：針對某一子集，重新畫圖等等。所以，我們首先需要對Seurat的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)有一個(gè)基本的了解。 下面這個(gè)圖...
-
10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）降維分析之tSNE（算法基礎(chǔ)知識(shí)）hi，大家好，不知道大家對算法感不感興趣，之前我分享了PCA的原理和一些分析技巧，大家可以參考單細(xì)胞PCA分析的降維原理[http://www.itdecent.cn/p/...
-
最全Bedtools使用說明--只看本文就夠了1 Bedtools:一個(gè)強(qiáng)大的基因組算法工具集 Bedtools是由猶他大學(xué)昆蘭實(shí)驗(yàn)室開發(fā)的基因組算法工具集，它堪稱是基因組分析工具中的瑞士軍刀。Bedtools可以對基因...
-
bedtools intersect用法 (intersectBed)bedtools intersect可以對兩個(gè)基因組特征 (genomic features) 進(jìn)行overlap，找到兩者重合的區(qū)域。比如求兩個(gè)peaks的交集，或者看很多...
-
生信老司機(jī)教你如何做基因組項(xiàng)目
作者：hony審稿：童蒙編輯：angelica 引言 轉(zhuǎn)眼間，從事生信工作已數(shù)年有余。在這期間，一直專注于基因組方面。項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)較多，涉及的物種也從微生物擴(kuò)展到動(dòng)植物，但其中不...
-
conda的安裝與使用 2.0版（2022-08-12更新）有很多的生信軟件都可以通過conda安裝，省去了很多的安裝、修bug的煩惱。經(jīng)常是安裝到崩潰的軟件，conda一行命令就搞定了。前兩天有個(gè)胖友問我gatk 3.8的版本在哪里...
-
Q20與Q30是什么
在分析高通量測序數(shù)據(jù)的時(shí)候，我們會(huì)對Q20/Q30不陌生。那么Q20/Q30是什么意思呢？又是怎么來的呢？ Q20，Q30它們代表的是某一堿基質(zhì)量值占全部堿基數(shù)的百分比，就類...
-
《愛上統(tǒng)計(jì)學(xué)》——學(xué)習(xí)筆記Chapter1 什么是統(tǒng)計(jì)學(xué)（statistics）？統(tǒng)計(jì)學(xué)是描述一系列可用于描述/整理/解釋資料或數(shù)據(jù)的統(tǒng)計(jì)工具和技術(shù)。 什么是描述統(tǒng)計(jì)（descriptive stat...
