醫(yī)學(xué)生零基礎(chǔ)學(xué)生信是先學(xué)Python還是先學(xué)R語言？[https://www.zhihu.com/question/432353982]如何學(xué)習(xí)R語言[https://www...
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零基礎(chǔ)學(xué)生信入門筆記(R語言、Linux、Python、RNA-seq、單細(xì)胞測序、質(zhì)譜流式、TCGA、GEO、單細(xì)胞經(jīng)典文獻(xiàn)解讀)
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一文讀懂SV檢測軟件Manta的結(jié)果文件Manta輸出VCF文件 Manta運(yùn)行完畢后，將在$ {MANTA_ANALYSIS_PATH}/results/variants目錄下輸出一組VCF格式的結(jié)果文件。 如果...
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GATK4.0和全基因組數(shù)據(jù)分析實(shí)踐（上）前言 在前面的一系列WGS文章中，我講述了很多基因數(shù)據(jù)分析的來龍去脈，雖然許多同學(xué)覺得很有幫助，但是卻缺了一個(gè)重要的環(huán)節(jié)——沒有提供實(shí)際可用的數(shù)據(jù)來實(shí)戰(zhàn)完成具體的流程，不能得...
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NGS 數(shù)據(jù)過濾之 Trimmomatic 詳細(xì)說明
tags： Trimmomatic NGS fastq NGS 原始數(shù)據(jù)過濾對后續(xù)分析至關(guān)重要，去除一些無用的序列也可以提高后續(xù)分析的準(zhǔn)確率和效率。Trimmomatic 是...
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Seurat 新版教程：分析空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)隨著轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的發(fā)展，空間轉(zhuǎn)錄組已經(jīng)正式走向商業(yè)化時(shí)代，作為單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析的工具箱的Seurat與時(shí)俱進(jìn)，也相應(yīng)地開發(fā)了空間轉(zhuǎn)錄組分析的一套函數(shù)，讓我們跟隨卑微小王看看Seu...
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CellChat：細(xì)胞間相互作用分析利器前言 我們知道，細(xì)胞間信息傳遞方式一個(gè)是細(xì)胞表面配受體的相互作用，另一個(gè)通過細(xì)胞產(chǎn)生的可溶性小分子，即細(xì)胞因子。在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中下游，有時(shí)候我們想看某幾種細(xì)胞類型之間的相互...
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單細(xì)胞免疫組庫數(shù)據(jù)分析||Seurat整合單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組與VDJ數(shù)據(jù)在做10X單細(xì)胞免疫組庫分析的是往往是做一部分BCR、TCR做一部分5‘轉(zhuǎn)錄組，那么怎樣才能把兩者結(jié)合到一起呢？ 今天我們嘗試用我們的趁手工具做一下整合分析。 首先是下載數(shù)據(jù)...
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一個(gè)R包玩轉(zhuǎn)單細(xì)胞免疫組庫分析，還能與Seurat無縫對接
在介紹clonotypr(https://github.com/mattfemia/clonotypr)包之前，我們需要先去解決幾個(gè)問題： （1）為什么要進(jìn)行單細(xì)胞免疫組庫的...
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GEO數(shù)據(jù)挖掘小嘗試：（三）利用clusterProfiler進(jìn)行富集分析clusterProfiler 是業(yè)界大神Y叔寫的一個(gè)R包，可以用來做各種富集分析，如GO、KEGG、DO（Disease Ontology analysis）、Reacto...
