零基礎(chǔ)學(xué)生信入門筆記(R語言、Linux、Python、RNA-seq、單細(xì)胞測(cè)序、質(zhì)譜流式、TCGA、GEO、單細(xì)胞經(jīng)典文獻(xiàn)解讀)

醫(yī)學(xué)生零基礎(chǔ)學(xué)生信是先學(xué)Python還是先學(xué)R語言?
如何學(xué)習(xí)R語言

linux入門學(xué)習(xí)筆記100篇

不止100篇,但上手上游分析遠(yuǎn)遠(yuǎn)不夠,可以作為入門參考。
linux學(xué)習(xí)100篇1:xshell、Xftp下載安裝 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇2:綁定Xftp和XShell上傳和下載文件 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇3:Error in open.connection(3L, "rb") 換個(gè)時(shí)間點(diǎn)就打開了 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇4:在服務(wù)器中使用R--RStudio Server在windows 10上安裝Linux版Rstudio? - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇5:linux如何進(jìn)入R - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇6:設(shè)置清華鏡像和安裝miniconda3 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇7:設(shè)置環(huán)境 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇8:ERROR: configuration failed for package 'curl' - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇9:Seurat安裝1 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇10:使用清華鏡像設(shè)置 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)

linux學(xué)習(xí)100篇11:install.packages('ggplot2') - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇12:Linux安裝R以及依賴庫出現(xiàn)的一些問題及解決方法 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇13:安裝clusterProfiler - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇14:安裝org.Mm.eg.db - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇15:安裝org.Hs.eg.db - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇16:Error in open.connection(10L, "rb") :Connection timed out after 10004 milliseconds - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇17:修改字體顏色 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇18:xshell設(shè)置字體 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇19:設(shè)置復(fù)制粘貼方式 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇20:上傳文件到服務(wù)器并查看 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)

linux學(xué)習(xí)100篇21:Rstudio Server的安裝和使用(附常見問題) - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇22:linux安裝R包的安裝 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇23:install.packages("plotly") - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇24: ?install.packages("uwot") - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇25: linux -R包安裝--Seurat - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇26: R-studio 更新包出現(xiàn)error:failed to lock directory解決方法 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇27:Linux入門背景知識(shí) - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇28:刪除00LOCK-RSpectra - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇29:安裝RSpectra - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇30:安裝uwot - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)

linux學(xué)習(xí)100篇31:刪除目錄 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇32:如何在rstudio sever打開上傳到服務(wù)器的文件 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇33:linux 里的系統(tǒng)文件默認(rèn)在哪里放? - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇34:轉(zhuǎn)錄組分析用軟件及安裝mutiqc - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇35:轉(zhuǎn)錄組分析用軟件及安裝fastp - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇36:轉(zhuǎn)錄組分析用軟件及安裝sra-tools - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇37:轉(zhuǎn)錄組分析用軟件及安裝samtools - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇38:轉(zhuǎn)錄組分析用軟件及安裝salmon - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇39:轉(zhuǎn)錄組分析用軟件及安裝trim-galore - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇40:轉(zhuǎn)錄組分析用軟件及安裝featureCounts - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)

linux學(xué)習(xí)100篇41:刪除一個(gè)空目錄 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇42:linux命令格式 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇43:文件和文件夾常用命令 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇44:cd .. 到上一級(jí)目錄 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇45:linux的一些默認(rèn)快捷符號(hào) - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇46:絕對(duì)路徑和相對(duì)路徑 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇47:常用快捷鍵 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇48:cd命令常見用法 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇49:ls命令常見用法 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇50:文件權(quán)限設(shè)定 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)

linux學(xué)習(xí)100篇51:正則表達(dá)式:元字符 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇52:創(chuàng)建文件夾,文件 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇53:Ubuntu 安裝tree及用法 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇54:touch 新建文件 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇55:復(fù)制粘貼 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇56:文件移動(dòng)刪除重命名 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇57:tree -L 1 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇58:rm -r可以刪除文件夾 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇59:創(chuàng)建軟連接 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇60:tar壓縮解壓縮文件 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)

linux學(xué)習(xí)100篇61:光標(biāo)處打字是輸入在后面 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇62:head tail less - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇63:wc統(tǒng)計(jì)文本 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇64:cut:文本切割 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇65:sort排序 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)

linux學(xué)習(xí)100篇101:轉(zhuǎn)錄組分析用軟件及安裝subread - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇102:conda search fastqc - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇103:conda list - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇104:conda list fast* - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇105:查看指定環(huán)境的軟件conda list -n rnaseq - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇106:查看conda版本conda -V - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
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linux學(xué)習(xí)100篇111:mamba安裝軟件mamba install -y fastqc - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇112:查看安裝的軟件之間的依賴關(guān)系 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇113:環(huán)境變量 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇114:環(huán)境變量echo $PATH - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇115:其他軟件安裝方式 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇116:bget :一個(gè)優(yōu)雅地下載 OA 文獻(xiàn)和附件的命令行工具 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇117:hisat2二進(jìn)制安裝 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇118:samtools源代碼安裝 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇119:linux文件系統(tǒng)結(jié)構(gòu) - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇120:確認(rèn)安裝了java及安裝java 編譯的軟件 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)

linux學(xué)習(xí)100篇121:reboot重啟系統(tǒng) - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇122:apt-get install htop 來安裝 htop - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
linux學(xué)習(xí)100篇123:變量 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)

單細(xì)胞測(cè)序(sc-RNA seq)分析:Seurat4.0系列教程

Seurat4.0系列教程1:標(biāo)準(zhǔn)流程 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程2:多模式數(shù)據(jù)聯(lián)合分析 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程3:合并兩個(gè)樣品的10x數(shù)據(jù)集 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程4:整合分析 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程5:交互技巧 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程6:常用命令 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程7:數(shù)據(jù)可視化方法 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程8:細(xì)胞周期評(píng)分和回歸分析 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程9:差異表達(dá)檢測(cè) - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程10:降維 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程11:使用sctransform - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程12:大數(shù)據(jù)集整合的方法 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程13:使用互惠 PCA (RPCA) 快速整合數(shù)據(jù) - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程14:整合scRNA-seq and scATAC-seq數(shù)據(jù) - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程15:映射和注釋查詢數(shù)據(jù)集 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)

Seurat4.0系列教程16:多模式參考映射注釋細(xì)胞 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程17:Mixscape - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程18:Weighted Nearest Neighbor Analysis(WNN)) - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程19:多線程并行策略 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程20:?jiǎn)渭?xì)胞對(duì)象的格式轉(zhuǎn)換 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)

Seurat4.0系列教程21: 結(jié)合Cell Hashing分析雙細(xì)胞 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程22:空間轉(zhuǎn)錄組的分析、可視化與整合 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)

單細(xì)胞108篇文獻(xiàn)解讀

單細(xì)胞108篇文獻(xiàn)解讀之1---Phenotype molding of stromal cells in the lung tumor microenvironment - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
單細(xì)胞108篇文獻(xiàn)解讀之2---Spatially and functionally distinct subclasses of breast cancer-associated fibrob... - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
單細(xì)胞108篇文獻(xiàn)解讀之3---A Targetable EGFR-Dependent Tumor-Initiating Program in Breast Cancer - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
單細(xì)胞108篇文獻(xiàn)解讀之4---Single-cell RNA sequencing reveals the tumor microenvironment and facilitates str... - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
單細(xì)胞108篇文獻(xiàn)解讀之5---Acquired cancer resistance to combination immunotherapy from transcriptional loss
單細(xì)胞108篇文獻(xiàn)解讀之7---Single-cell RNA sequencing highlights the role of inflammatory cancer-associated ... - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
[單細(xì)胞108篇文獻(xiàn)解讀之8---Cell differentiation trajectory predicts patient potential immunotherapy response](http://www.itdecent.cn/p/92f266700c09
單細(xì)胞108篇文獻(xiàn)解讀之9---Single-cell analysis reveals transcriptomic remodellings in distinct cell types t... - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
單細(xì)胞108篇文獻(xiàn)解讀之10---Inference and analysis of cell-cell communication using CellChat - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)

單細(xì)胞108篇文獻(xiàn)解讀之11---SCENIC: 單細(xì)胞RNA-seq數(shù)據(jù)推斷基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)和細(xì)胞功能聚類 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
單細(xì)胞108篇文獻(xiàn)解讀之12---Promotion of cholangiocarcinoma growth by diverse cancer-associated fibroblast s... - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
單細(xì)胞108篇文獻(xiàn)解讀之13---Cross-tissue organization of the fibroblast lineage - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
單細(xì)胞108篇文獻(xiàn)解讀之14---A Targetable EGFR-Dependent Tumor-Initiating Program in Breast Cancer - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)

R語言

R語言學(xué)習(xí).1-R安裝及向量介紹 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
R包安裝設(shè)置清華鏡像的三種方法 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
R語言學(xué)習(xí).2/3-數(shù)據(jù)類型 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
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R語言學(xué)習(xí)4.1_包的安裝_tidyverse - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
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R語言學(xué)習(xí)7.1----stringr處理字符串 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)

R數(shù)據(jù)科學(xué)

GEO

數(shù)據(jù)挖掘?qū)W習(xí)---GEO 數(shù)據(jù)庫簡(jiǎn)介 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)

GEO數(shù)據(jù)挖掘--下載數(shù)據(jù)的3種方式 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)

GEO數(shù)據(jù)挖掘之繪制PCA熱圖和差異基因火山圖 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
GEO數(shù)據(jù)挖掘之使用clusterProfiler進(jìn)行GO/KEGG富集分析 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
GEO數(shù)據(jù)挖掘入門---使用pheatmap繪制分組聚類熱圖 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)

TCGA

RNA-seq

sra與fastq數(shù)據(jù)簡(jiǎn)介及下載 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)

外顯子

全外顯子組測(cè)序技術(shù)WES簡(jiǎn)介及結(jié)題報(bào)告解讀 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)

python

《利用Python進(jìn)行數(shù)據(jù)分析·第2版》第1章 準(zhǔn)備工作 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)
《利用Python進(jìn)行數(shù)據(jù)分析·第2版》第2章 Python語法基礎(chǔ),IPython和Jupyter Notebooks - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)

質(zhì)譜流式

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