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240 發(fā)簡信
IP屬地:湖南
  • GEO芯片數(shù)據(jù)的探針I(yè)D轉(zhuǎn)換

    轉(zhuǎn)自“果子學(xué)生信” 一、首先獲取用于轉(zhuǎn)換的probe2symbol文件: 第1種方法 直接用平臺(tái)數(shù)據(jù)(網(wǎng)絡(luò)不好的可以直接略過) 轉(zhuǎn)換成數(shù)據(jù)框形...

  • GEO下載與分析

    轉(zhuǎn)自果子學(xué)生信1.加載R包獲取數(shù)據(jù) 2.通過pData函數(shù)獲取分組信息 3.通過exprs函數(shù)獲取表達(dá)矩陣并校正 4.判斷是否需要進(jìn)行數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換 ...

  • pheatmap

    一、 創(chuàng)建一個(gè)隨機(jī)矩陣10x20 二、作圖1.基本作圖 scale是指對數(shù)值進(jìn)行均一化處理,在基因表達(dá)量的數(shù)據(jù)中,有些基因表達(dá)量極低,有些基因表...

  • 設(shè)計(jì)復(fù)雜差異比較矩陣

    例:查看pData 其中title部分告訴了我們分組信息,2小時(shí)和18小時(shí),每個(gè)時(shí)間段又有vehicle control, PE1.3 embo...

  • 差異分析是否需要比較矩陣

    仔細(xì)觀察下面的兩個(gè)代碼: 首先是不需要差異比較矩陣的: 然后是需要差異比較矩陣的: 兩者結(jié)果是一模一樣的。而差異比較矩陣的需要與否,主要看分組矩...

  • limma對芯片數(shù)據(jù)做差異分析

    (轉(zhuǎn)自http://www.bio-info-trainee.com/)需要三個(gè)數(shù)據(jù): 需要三個(gè)步驟:表達(dá)矩陣...

  • 用R獲取芯片探針與基因的對應(yīng)關(guān)系三部曲-bioconductor

    轉(zhuǎn)自http://www.bio-info-trainee.com/1399.htmlgpl organism ...

  • GEOquery

    下載GSE 過濾表達(dá)矩陣 刪除表達(dá)量低的探針,取最大表達(dá)量 探針名轉(zhuǎn)為基因名 制作分組矩陣 制作差異比較矩陣 lmFit eBayes topT...

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