轉自“果子學生信” 一、首先獲取用于轉換的probe2symbol文件： 第１種方法 直接用平臺數據(網絡不好的可以直接略過) 轉換成數據框形式 基因名隱藏在gene_as...
發(fā)簡信
IP屬地：湖南
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GEO芯片數據的探針I(yè)D轉換
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GEO下載與分析
轉自果子學生信1.加載R包獲取數據 2.通過pData函數獲取分組信息 3.通過exprs函數獲取表達矩陣并校正 4.判斷是否需要進行數據轉換 5.注釋基因 6.探針轉換與基...
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pheatmap
一、 創(chuàng)建一個隨機矩陣10x20 二、作圖１.基本作圖 scale是指對數值進行均一化處理，在基因表達量的數據中，有些基因表達量極低，有些基因表達量極高，因此把每個基因在不同...
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設計復雜差異比較矩陣
例：查看pData 其中title部分告訴了我們分組信息，2小時和18小時，每個時間段又有vehicle control, PE1.3 embolized, PE2.0 em...
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差異分析是否需要比較矩陣
仔細觀察下面的兩個代碼： 首先是不需要差異比較矩陣的： 然后是需要差異比較矩陣的： 兩者結果是一模一樣的。而差異比較矩陣的需要與否，主要看分組矩陣如何制作的！ 有本質的區(qū)別！...
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limma對芯片數據做差異分析
（轉自http://www.bio-info-trainee.com/）需要三個數據： 需要三個步驟：表達矩陣lmFit分組矩陣eBayes...
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用R獲取芯片探針與基因的對應關系三部曲-bioconductor
轉自http://www.bio-info-trainee.com/1399.htmlgpl organism ...
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喜歡寫代碼的外科醫(yī)生。
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GEO數據挖掘小嘗試：（一）尋找共同差異基因在使用Bioconductor 分析芯片數據（一）中我們使用的是芯片的原始數據（即*.cel文件）進行分析，但在大部分情況下我們是可以利用GEO數據庫中已有的表達矩陣來進行數...
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TCGA工具-GDCRNATools學習筆記介紹 GDCRNATools 是一個R包，提供標準的，易于使用和全面的管道，用于下載，組織和綜合分析GDC門戶中的RNA表達數據，重點是解讀癌癥中l(wèi)ncRNA-mRNA相關的...
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生信人的20個R語言習題及其答案-土豆學習筆記生信人的20個R語言習題 http://www.bio-info-trainee.com/3409.html生信人的20個R語言習題 答案 http://www.bio-...
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搬磚的工人<br>
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生信人應該這樣學R語言--Jimmy，20講積跬步，至千里 1.介紹R語言及RStudio 1.1 安裝R 包和Rstudio1.2Rstudio四個區(qū)塊，區(qū)塊，history（to source，to console...
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R語言練習題10道，有答案代碼，還有視頻來源：http://www.bio-info-trainee.com/3750.html答案：https://github.com/jmzeng1314/R_bilibili...
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生信技能樹，生信菜鳥團，jimmy
