發(fā)簡(jiǎn)信
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RepeatMasker注釋重復(fù)序列二RepeatMasker二.再次學(xué)習(xí) 2023年3月16日 9:28 近期通過(guò)看文獻(xiàn)和接觸到的新的重復(fù)序列注釋工具，對(duì)RepeatMasker的...
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Genewise簡(jiǎn)介及安裝
Genewise是Wise2軟件的核心程序，在官網(wǎng)上自我介紹時(shí)說(shuō)自己是Ensembl的pipeline 程序，有網(wǎng)友提到這是一個(gè)非常老的軟件，最...
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文獻(xiàn)解讀前言： 最近在浙大學(xué)習(xí)，張老師分享給我近期Cell文章公布的南極磷蝦的基因組最新研究，讓我組會(huì)上講一下，那就精讀一下，看一下(想起導(dǎo)師前段時(shí)間分...
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利用宏基因組數(shù)據(jù)組裝基因組-評(píng)估篇
前言： 最近組裝了一種病原體的基因組，基因組大小為610kb，結(jié)果發(fā)現(xiàn)在300,000-400,000之間發(fā)現(xiàn)很多的Gap區(qū)域，需要找一下原因。...
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利用宏基因組數(shù)據(jù)組裝某病原體基因組一(組裝篇)一.前言： 有時(shí)候拿到某病原體感染病人的樣本，未經(jīng)培養(yǎng)而想獲得病原體的基因組序列，直接利用二代測(cè)序獲得進(jìn)行宏基因組測(cè)序，通常思路就是通過(guò)bwa或...
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查看服務(wù)器CPU配置
前言： 從2017年10月份我開(kāi)始轉(zhuǎn)入生物信息學(xué)域工作學(xué)習(xí)，醫(yī)學(xué)出身又都是自己學(xué)習(xí)(閉門(mén)造車)，一路來(lái)磕磕絆絆，對(duì)于計(jì)算機(jī)硬件的理解一直是我短板...
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高質(zhì)量的肩突硬蜱基因組促進(jìn)了蜱類科學(xué)的發(fā)展新年伊始，Nature Genetics公布了由美國(guó)Maryland大學(xué)科研人員對(duì)肩突硬蜱基因組進(jìn)行測(cè)序組裝的最新研究結(jié)果，這是第三版的肩突硬蜱...
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非Root用戶安裝Perl模塊
在安裝RepeatModeler-2.0.1時(shí)，第一步配置configure文件，perl configure時(shí)提醒沒(méi)有安裝Perl的File:...
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轉(zhuǎn)錄組比對(duì)軟件STAR安裝及使用發(fā)現(xiàn)服務(wù)器上沒(méi)有安裝STAR (Spliced Transcripts Alignment to a Reference)，這個(gè)轉(zhuǎn)錄組最常用的比...