RepeatMasker二.再次學(xué)習(xí) 2023年3月16日 9:28 近期通過看文獻和接觸到的新的重復(fù)序列注釋工具,對RepeatMasker的使用理解加深了一點點,對重復(fù)序...
RepeatMasker二.再次學(xué)習(xí) 2023年3月16日 9:28 近期通過看文獻和接觸到的新的重復(fù)序列注釋工具,對RepeatMasker的使用理解加深了一點點,對重復(fù)序...
Genewise是Wise2軟件的核心程序,在官網(wǎng)上自我介紹時說自己是Ensembl的pipeline 程序,有網(wǎng)友提到這是一個非常老的軟件,最新版本開發(fā)出來也有10多年了,...
前言: 最近在浙大學(xué)習(xí),張老師分享給我近期Cell文章公布的南極磷蝦的基因組最新研究,讓我組會上講一下,那就精讀一下,看一下(想起導(dǎo)師前段時間分享給我的那篇Cell文章還沒有...
前言: 最近組裝了一種病原體的基因組,基因組大小為610kb,結(jié)果發(fā)現(xiàn)在300,000-400,000之間發(fā)現(xiàn)很多的Gap區(qū)域,需要找一下原因。因為是用二代數(shù)據(jù)測的,我先推測...
一.前言: 有時候拿到某病原體感染病人的樣本,未經(jīng)培養(yǎng)而想獲得病原體的基因組序列,直接利用二代測序獲得進行宏基因組測序,通常思路就是通過bwa或者bowtie2與參考基因組比...
前言: 從2017年10月份我開始轉(zhuǎn)入生物信息學(xué)域工作學(xué)習(xí),醫(yī)學(xué)出身又都是自己學(xué)習(xí)(閉門造車),一路來磕磕絆絆,對于計算機硬件的理解一直是我短板,作為服務(wù)器使用者,有必要理解...
新年伊始,Nature Genetics公布了由美國Maryland大學(xué)科研人員對肩突硬蜱基因組進行測序組裝的最新研究結(jié)果,這是第三版的肩突硬蜱基因組了,而上一次是2015年...
在安裝RepeatModeler-2.0.1時,第一步配置configure文件,perl configure時提醒沒有安裝Perl的File::Which模塊。 The f...
發(fā)現(xiàn)服務(wù)器上沒有安裝STAR (Spliced Transcripts Alignment to a Reference),這個轉(zhuǎn)錄組最常用的比對工具之一,也是我之前一直的用...
Hi-C技術(shù)通過交聯(lián)等實驗步驟獲得空間上相連的DNA片段,即物理位置上較遠(yuǎn)的DNA片段之間的互作信息。根據(jù)染色體內(nèi)部的互作概率顯著高于染色體之間的互作概率將不同的contig...
瀏覽到今年在NC上發(fā)表的一篇針對孤雌生殖的六倍體普魯士鯉魚的基因組文章,作者組裝到了單體型水平,前段時間也看到了國內(nèi)學(xué)者對孤雌的銀鯽的文章,發(fā)在了nature另一子刊上了,這...
在ALLHiC使用過程中需要構(gòu)建Allele.ctg.table,用于過濾多倍體基因組中因等位序列相似引起的HiC噪音的必要輸入。官網(wǎng)提供了兩種辦法,一種是blastn,需要...
在使用Purge_dups去冗余時,用到了Minimaps2,把學(xué)習(xí)的東西整理一下。先聲明本文軟件介紹的很多內(nèi)容來自 “生信算法”公眾號文章,用來作為自己的學(xué)習(xí)記錄,原文作者...
Seqkit是一款專門處理fsata/q序列文件的軟件。 github地址: https://github.com/shenwei356/seqkit 下載地址: https...
博士開題,毫無疑問搞砸了,也被導(dǎo)師批了一頓。開題準(zhǔn)備工作不足,昨天晚上還在調(diào)整PPT,2~3點時想起了17年冬天在華大學(xué)習(xí)的日子,當(dāng)時的日常生活和今天一樣,今天的匯報也...
好問題,我找找
Jellyfish進行Kmer評估基因組大小我們對一個新物種進行基因組測定時,一般需要先對該物種進行基因組survey,估計基因組大小、雜合率、重復(fù)序列比例、GC含量和倍性等信息,其中基因組大小直接影響我們后續(xù)三代測序...
隨著測序技術(shù)的發(fā)展及新的組裝工具的不斷開發(fā)應(yīng)用,基因組denovo測序及組裝進入了Genomic2.0時代,我認(rèn)為Genomic2.0時代的標(biāo)志有兩點:1. 三代長讀長測序及...