1. Cre-loxp系統(tǒng)及其應(yīng)用介紹 Cre-loxp系統(tǒng)源于P1噬菌體的高效重組系統(tǒng)。Cre (Causes recombination; Cyclization rec...
IP屬地：賓夕法尼亞州
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Cre小鼠的簡(jiǎn)介與應(yīng)用 -
單細(xì)胞亞群差異基因火山圖單細(xì)胞繪圖系列： Seurat繪圖函數(shù)總結(jié)[http://www.itdecent.cn/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2優(yōu)化Seurat繪圖[https...
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Seurat整合scRNA-seq和scATAC-seq單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)已經(jīng)改變了我們表征細(xì)胞狀態(tài)的能力，但對(duì)生物學(xué)更深入的理解需要的不僅僅是對(duì)細(xì)胞進(jìn)行簡(jiǎn)單分類。 隨著測(cè)量細(xì)胞不同維度信息的新方法的出現(xiàn)，一個(gè)關(guān)鍵的分析挑戰(zhàn)是整合這些...
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Seurat包的打分函數(shù)AddModuleScore
在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析的過(guò)程中，Seurat包提供了一個(gè)為一個(gè)基因集打分的函數(shù)AddModuleScore（自定基因集），為基因集進(jìn)行打分常見(jiàn)的富集分析軟件GSVA，今天我們來(lái)看看...
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你到底想要什么樣的umap/tsne圖？隨著生物學(xué)背景知識(shí)的增加，單細(xì)胞圖譜的可視化直接用10X的Loup或者seurat的Dimplot函數(shù)直接繪制的umap/tsne圖往往很難達(dá)到要求了，這就要求我們提高繪圖技...
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基因功能富集方法和基因注釋數(shù)據(jù)庫(kù)介紹1. 兩種基因功能富集方法介紹 名詞解釋：1. 基因功能富集分析：包括過(guò)表達(dá)分析ORA、功能分類打分FCS、基于同路拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)PT和基于網(wǎng)絡(luò)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)NT和基因富集分析GSEA。...
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pySCENIC的轉(zhuǎn)錄因子分析及數(shù)據(jù)可視化（二）參考生信技能樹(shù)：pyscenic的轉(zhuǎn)錄因子分析結(jié)果展示之5種可視化[https://mp.weixin.qq.com/s/SIfyGzx4fwXPtQsVvvwwMQ]、py...
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生信分析之基因富集分析（GeneSet Enrichment Analysis)
01 基因富集分析基本概念 今天我們來(lái)講一講什么是基因富集分析 首先我們要抓住一個(gè)核心，那就是： “將我們挑出來(lái)的基因歸歸類，聚類分析，看看這些基因的功能和我們的研究是否具有...
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（RNA-seq工具比較）edgeR、limma、DESeq2三種差異表達(dá)包比較文章目錄 加載R包和輸入數(shù)據(jù) 表達(dá)數(shù)據(jù)整理3.edgeR包做差異表達(dá)4.limma包做差異表達(dá)5.DESeq2包做差異表達(dá)6.比較三種包差異表達(dá)基因篩選結(jié)果 1. 加載R包和...
