作者，Evil Genius 今天我們參考的文章來自Beyond genetics: driving cancer with the tumour microenvironm...
發(fā)簡信
IP屬地：浙江
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癌癥的微環(huán)境和表觀遺傳驅(qū)動因素 -
CITE-seq：同時測細(xì)胞表面蛋白和RNA的單細(xì)胞測序單細(xì)胞測序方法和原理系列： 1. 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組建庫原理：SMART、TargetAmp和10X genomics[http://www.itdecent.cn/p/6c5d...
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3.Single-cell sequencing in stem cell biology
Single-cell sequencing in stem cell biology 在哺乳動物早期胚胎中只有少量多能干細(xì)胞；組織特異性干細(xì)胞通常只有少量存在于特殊的組織和...
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cel格式的芯片原始數(shù)據(jù)處理
收到一個學(xué)生求助，得到空的表達矩陣，限于目前初學(xué)的狀態(tài)，處理原始數(shù)據(jù)比較困難，但又急用，這不，我來幫忙咯。 1.初步探索 表達矩陣確實是空的，不過附件里提供了cel格式的原始...
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芯片數(shù)據(jù)和RNA-seq的差異分析流程由于太久沒有分析過bulk數(shù)據(jù)了，前幾天突然被要求分析一個文章的數(shù)據(jù)時有點亂了手腳，所以在這里想總結(jié)一下關(guān)于芯片數(shù)據(jù)與seq數(shù)據(jù)的差異分析流程。 假如你是小白，也剛剛了解NG...
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德布魯因圖 (De Bruijn graph)在圖論[https://en.wikipedia.org/wiki/Graph_theory]中，m個符號的n維德布魯因圖是表示符號序列之間重疊的有向圖[https://en...
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關(guān)于readsCount、RPKM/FPKM、RPM(CPM)、TPM的理解
背景 feature 定義：基因組上對具有不同性質(zhì)區(qū)域的定義 (例如：gene/exon/intron/miRNA等)。 優(yōu)點：利于分類整理結(jié)果。 兩類測序bias 長度bi...
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轉(zhuǎn)錄組--STAR比對（可用于差異分析、可變剪接分析和call_SNP）
1 建索引 2 比對(若用于GATK，可不排序輸出sam文件) 1)常規(guī)比對（一次2個吧, 用于差異分析） 2-pass模式（用于RNA數(shù)據(jù)的GATK--call_snp） ...
