前言 與傳統(tǒng)的單細(xì)胞分析工具不同，muscat更加關(guān)注于揭示樣本間的變異性，從而得出更具普遍性的結(jié)論。在上一期的推文中muscat：專注于多樣本多分組的單細(xì)胞差異分析[htt...
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muscat代碼實操（一）：模擬復(fù)雜的 scRNA-seq 數(shù)據(jù)以及評估不同的差異表達(dá)分析方法的性能 -
R>>pheatmap01-列標(biāo)簽顏色修改pheatmap是繪制熱圖的神包，在繪制過程總常常會遇到一些小細(xì)節(jié)，需要慢慢的磨合取調(diào)整，下面就逐步來攻克這個過程中的小脾氣，首先是列標(biāo)簽顏色的調(diào)整，這時候用到的是annot...
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使用R語言繪制折線圖寫在前面 昨天我們分享了使用Python繪制折線圖的教程，跟著NC學(xué)作圖 | 使用python繪制折線圖[https://mp.weixin.qq.com/s/PiIE78A...
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SCPA（二）：揭示兩群細(xì)胞代謝活性差異
前言 Immugent在之前的一篇推文：SCPA（一）：揭示兩群細(xì)胞通路差異的優(yōu)化流程[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4MjY5OD...
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funkyheatmap |臨床+組學(xué)+分組數(shù)據(jù)可視化“神器”，時髦的熱圖
|本文首發(fā)于“生信補給站”公眾號，https://mp.weixin.qq.com/s/04FA3O4QVwg9CNtHBWbUYw[https://mp.weixin.qq...
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文獻(xiàn):單細(xì)胞+空間轉(zhuǎn)錄組分析揭示大腸癌中 成纖維細(xì)胞和巨噬細(xì)胞的相互作用文獻(xiàn)名稱: Single-cell and spatial analysis reveal interaction of FAP fibroblasts and SPP1 m...
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癌細(xì)胞遠(yuǎn)程遙控巨噬細(xì)胞，為轉(zhuǎn)移做足準(zhǔn)備“前方請注意！前方請注意!有癌細(xì)胞出沒！” “收到！巨噬細(xì)胞聽我口令，吞噬前方癌細(xì)胞！” “報告，巨噬細(xì)胞受到抑制，淪陷在敵占區(qū)，正在幫癌細(xì)胞干活！” 這是癌細(xì)胞轉(zhuǎn)移戰(zhàn)中經(jīng)常...
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「r<-包」使用 sigminer 進(jìn)行突變模式分析突變模式分析（Mutational Signature Analysis）已經(jīng)逐步成為變異檢測后一個通用分析，這篇文章簡單介紹如何使用 sigminer 進(jìn)行突變模式分析，以...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析工具（TF，motifs）-SCENIC相信很多專題應(yīng)該已經(jīng)講過SCENIC的使用，這兒，針對我自己對SCENIC的學(xué)習(xí)使用，遇到的問題做一個詳細(xì)的講解說明，希望能對大家理解學(xué)習(xí)應(yīng)用SCENIC起到一些幫助。 SC...
