一般做完差異分析都會做這一步,目的是找到差異基因富集到的通路,進(jìn)而與生物學(xué)意義聯(lián)系起來。具體的統(tǒng)計方法很簡單,這篇筆記里面的代碼可以從零搭建一個富集分析工具。 后臺回復(fù)202...
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Hands-on Workshop on Computational Biophysics MMBioS workshops[https://mmbios.pitt.edu/...
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蛋白質(zhì)組知識背景 蛋白質(zhì)組(proteome):由一個細(xì)胞、一個組織或一個機(jī)體的基因組所表達(dá)的全部相應(yīng)的蛋白質(zhì),是一個整體的概念。 蛋白質(zhì)組學(xué)(proteomics):以蛋白...
GNM和ANM的淵源 彈性網(wǎng)絡(luò)模型 (elastic network model, ENM)將蛋白質(zhì)的每個殘基簡化為一個Node, 用其Cα來代替, 殘基之間的相互作用簡化為...
安裝前準(zhǔn)備 在上一篇筆記中提到, ProDy 是一個免費(fèi)開源的 Python 模塊,因而可以采用多種 Python 模塊的安裝方式[https://docs.pyth...
ProDy 簡介 ProDy 工具由美國匹茲堡大學(xué)Ivet Bahar 實(shí)驗(yàn)室[https://www.ccbb.pitt.edu/Faculty/bahar/inde...